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- EMDB-6480: Atomic structure of the Apaf-1 apoptosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6480
タイトルAtomic structure of the Apaf-1 apoptosome
マップデータReconstruction of the Apaf-1 apoptosome
試料
  • 試料: Heptameric apoptosome of activated human Apaf-1 binding to horse cytochrome c and dATP
  • タンパク質・ペプチド: The apoptotic protease activating factor 1
  • タンパク質・ペプチド: cytochrome c
キーワードApoptosome / cryo-EM structure / apoptosis / Apaf-1
機能・相同性
機能・相同性情報


response to G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of apoptotic DNA fragmentation / Formation of apoptosome / apoptosome / cytochrome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / Regulation of the apoptosome activity ...response to G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of apoptotic DNA fragmentation / Formation of apoptosome / apoptosome / cytochrome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / Regulation of the apoptosome activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / forebrain development / Transcriptional Regulation by E2F6 / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cardiac muscle cell apoptotic process / heat shock protein binding / response to nutrient / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / apoptotic signaling pathway / kidney development / neural tube closure / ADP binding / mitochondrial intermembrane space / nervous system development / neuron apoptotic process / secretory granule lumen / regulation of apoptotic process / ficolin-1-rich granule lumen / response to hypoxia / cell differentiation / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process / nucleotide binding / apoptotic process / heme binding / Neutrophil degranulation / lipid binding / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain / : / Apoptotic protease-activating factor 1-like, winged-helix domain / Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Cytochrome c, class IA/ IB ...Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain / : / Apoptotic protease-activating factor 1-like, winged-helix domain / Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Cytochrome c, class IA/ IB / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptotic protease-activating factor 1 / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Equus caballus (ウマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Zhou MY / Li YN / Hu Q / Bai XC / Huang WY / Yan CY / Scheres SHW / Shi YG
引用ジャーナル: Genes Dev / 年: 2015
タイトル: Atomic structure of the apoptosome: mechanism of cytochrome c- and dATP-mediated activation of Apaf-1.
著者: Mengying Zhou / Yini Li / Qi Hu / Xiao-Chen Bai / Weiyun Huang / Chuangye Yan / Sjors H W Scheres / Yigong Shi /
要旨: The apoptotic protease-activating factor 1 (Apaf-1) controls the onset of many known forms of intrinsic apoptosis in mammals. Apaf-1 exists in normal cells as an autoinhibited monomer. Upon binding ...The apoptotic protease-activating factor 1 (Apaf-1) controls the onset of many known forms of intrinsic apoptosis in mammals. Apaf-1 exists in normal cells as an autoinhibited monomer. Upon binding to cytochrome c and dATP, Apaf-1 oligomerizes into a heptameric complex known as the apoptosome, which recruits and activates cell-killing caspases. Here we present an atomic structure of an intact mammalian apoptosome at 3.8 Å resolution, determined by single-particle, cryo-electron microscopy (cryo-EM). Structural analysis, together with structure-guided biochemical characterization, uncovered how cytochrome c releases the autoinhibition of Apaf-1 through specific interactions with the WD40 repeats. Structural comparison with autoinhibited Apaf-1 revealed how dATP binding triggers a set of conformational changes that results in the formation of the apoptosome. Together, these results constitute the molecular mechanism of cytochrome c- and dATP-mediated activation of Apaf-1.
履歴
登録2015年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月18日-
マップ公開2015年11月18日-
更新2015年11月18日-
現状2015年11月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jbt
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jbt
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6480.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6480.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of the Apaf-1 apoptosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å		1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å		1.32 Å/pix.
x 320 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.23910286 - 0.35140538
平均 (標準偏差)0.00003032 (±0.00817638)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z422.400422.400422.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.2390.3510.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Heptameric apoptosome of activated human Apaf-1 binding to horse ...

全体名称: Heptameric apoptosome of activated human Apaf-1 binding to horse cytochrome c and dATP
要素
  • 試料: Heptameric apoptosome of activated human Apaf-1 binding to horse cytochrome c and dATP
  • タンパク質・ペプチド: The apoptotic protease activating factor 1
  • タンパク質・ペプチド: cytochrome c

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超分子 #1000: Heptameric apoptosome of activated human Apaf-1 binding to horse ...

超分子名称: Heptameric apoptosome of activated human Apaf-1 binding to horse cytochrome c and dATP
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Heptamer / Number unique components: 2

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分子 #1: The apoptotic protease activating factor 1

分子名称: The apoptotic protease activating factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Apaf-1 / コピー数: 7 / 集合状態: Heptamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換細胞: High Five / 組換プラスミド: pFastBac
配列UniProtKB: Apoptotic protease-activating factor 1

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分子 #2: cytochrome c

分子名称: cytochrome c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Equus caballus (ウマ) / 別称: Horse
配列UniProtKB: Cytochrome c

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES, 10 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM EDTA and 1 mM DTT
グリッド詳細: 400-mesh Cu R 1.2/1.3 grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2015年1月10日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 912 / 平均電子線量: 40 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 134919

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j2t

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3jbt:
Atomic structure of the Apaf-1 apoptosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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