+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6425 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Retinoschisin, back-to-back octameric rings | |||||||||
![]() | Retinoschisin double octamer rings | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | X-linked retinoschisis / discoidin domain / retina / macular degeneration / vision | |||||||||
機能・相同性 | ![]() neuron to neuron synapse / retina layer formation / eye development / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylserine binding / visual perception / photoreceptor inner segment / protein homooligomerization / cell adhesion / external side of plasma membrane ...neuron to neuron synapse / retina layer formation / eye development / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylserine binding / visual perception / photoreceptor inner segment / protein homooligomerization / cell adhesion / external side of plasma membrane / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
![]() | Heymann JB / Tolun G / Vijayasarathy C / Huang R / Zeng Y / Li Y / Steven AC / Sieving PA | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Paired octamer rings of retinoschisin suggest a junctional model for cell-cell adhesion in the retina. 著者: Gökhan Tolun / Camasamudram Vijayasarathy / Rick Huang / Yong Zeng / Yan Li / Alasdair C Steven / Paul A Sieving / J Bernard Heymann / ![]() 要旨: Retinoschisin (RS1) is involved in cell-cell junctions in the retina, but is unique among known cell-adhesion proteins in that it is a soluble secreted protein. Loss-of-function mutations in RS1 lead ...Retinoschisin (RS1) is involved in cell-cell junctions in the retina, but is unique among known cell-adhesion proteins in that it is a soluble secreted protein. Loss-of-function mutations in RS1 lead to early vision impairment in young males, called X-linked retinoschisis. The disease is characterized by separation of inner retinal layers and disruption of synaptic signaling. Using cryo-electron microscopy, we report the structure at 4.1 Å, revealing double octamer rings not observed before. Each subunit is composed of a discoidin domain and a small N-terminal (RS1) domain. The RS1 domains occupy the centers of the rings, but are not required for ring formation and are less clearly defined, suggesting mobility. We determined the structure of the discoidin rings, consistent with known intramolecular and intermolecular disulfides. The interfaces internal to and between rings feature residues implicated in X-linked retinoschisis, indicating the importance of correct assembly. Based on this structure, we propose that RS1 couples neighboring membranes together through octamer-octamer contacts, perhaps modulated by interactions with other membrane components. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 14.3 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 5.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 321.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Retinoschisin double octamer rings | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Mature retinoschisin with a C-terminal hexahistidine tag
全体 | 名称: Mature retinoschisin with a C-terminal hexahistidine tag |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Mature retinoschisin with a C-terminal hexahistidine tag
超分子 | 名称: Mature retinoschisin with a C-terminal hexahistidine tag タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 16-mer / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 実験値: 400 KDa / 理論値: 382 KDa / 手法: Blue native gel electrophoresis |
-分子 #1: Retinoschisin 1
分子 | 名称: Retinoschisin 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RS1 詳細: The mature RS1 protein (no signal sequence) with a C-terminal six-histidine tag コピー数: 16 / 集合状態: 16-mer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() 組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pDonr253 |
配列 | UniProtKB: Retinoschisin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl |
グリッド | 詳細: C-flat holey carbon grids (2.0 um holes, 2.0 um spaces) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Plunged at room temperature. / 手法: Blotted from the copper side. |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
日付 | 2014年6月11日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 19 / 平均電子線量: 30 e/Å2 詳細: Each image is the average of 10 frames taken over 3 seconds. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
詳細 | Particles were picked semi-automatically (EMAN2). |
---|---|
CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion, EMAN2, Bsoft / 使用した粒子像数: 9096 |
FSC曲線 (解像度の算出) | ![]() |