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万見
- EMDB-6312: Ciliary microtubule doublet by single particle analysis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6312
タイトルCiliary microtubule doublet by single particle analysis
マップデータCiliary microtubule doublet
試料
  • 試料: microtubule doublet from Tetrahymena cilia
  • 細胞器官・細胞要素: cilium
キーワードcilia / microtubule / tubulin / dynein
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule / GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha chain / Tubulin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Maheshwari A / Obbineni JM / Bui KH / Shibata K / Toyoshima Y / Ishikawa T
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: α- and β-Tubulin Lattice of the Axonemal Microtubule Doublet and Binding Proteins Revealed by Single Particle Cryo-Electron Microscopy and Tomography.
著者: Aditi Maheshwari / Jagan Mohan Obbineni / Khanh Huy Bui / Keitaro Shibata / Yoko Y Toyoshima / Takashi Ishikawa /
要旨: Microtubule doublet (MTD) is the main skeleton of cilia/flagella. Many proteins, such as dyneins and radial spokes, bind to MTD, and generate or regulate force. While the structure of the ...Microtubule doublet (MTD) is the main skeleton of cilia/flagella. Many proteins, such as dyneins and radial spokes, bind to MTD, and generate or regulate force. While the structure of the reconstituted microtubule has been solved at atomic resolution, nature of the axonemal MTD is still unclear. There are a few hypotheses of the lattice arrangement of its α- and β-tubulins, but it has not been described how dyneins and radial spokes bind to MTD. In this study, we analyzed the three-dimensional structure of Tetrahymena MTD at ∼19 Å resolution by single particle cryo-electron microscopy. To identify α- and β-tubulins, we combined image analysis of MTD with specific kinesin decoration. This work reveals that α- and β-tubulins form a B-lattice arrangement in the entire MTD with a seam at the outer junction. We revealed the unique way in which inner arm dyneins, radial spokes, and proteins inside MTD bind and bridge protofilaments.
履歴
登録2015年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月8日-
マップ公開2015年8月5日-
更新2015年9月9日-
現状2015年9月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jao
  • 表面レベル: 1.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3jao
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6312.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6312.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 124.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ciliary microtubule doublet
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.48 Å/pix.
x 322 pix.
= 1441.916 Å		4.48 Å/pix.
x 322 pix.
= 1441.916 Å		4.48 Å/pix.
x 322 pix.
= 1441.916 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.478 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 1.3 / ムービー #1: 1.3
最小 - 最大-33.726356510000002 - 33.660144809999998
平均 (標準偏差)0.09271099 (±2.29999352)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ322322322
Spacing322322322
セルA=B=C: 1441.916 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.4784.4784.478
M x/y/z322322322
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1441.9161441.9161441.916
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-800-4
NX/NY/NZ1611358
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS322322322
D min/max/mean-33.72633.6600.093

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : microtubule doublet from Tetrahymena cilia

全体名称: microtubule doublet from Tetrahymena cilia
要素
  • 試料: microtubule doublet from Tetrahymena cilia
  • 細胞器官・細胞要素: cilium

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超分子 #1000: microtubule doublet from Tetrahymena cilia

超分子名称: microtubule doublet from Tetrahymena cilia / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: cilium

超分子名称: cilium / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: flagellum
詳細: Microtubule doublets were prepared from Tetrahymena cilia.
コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210 / Organelle: cilium

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 30 mM HEPES, pH 7.4, 5 mM MgSO4, 1 mM DTT, 0.5 mM EDTA, 25 mM KCl, 4 mM CaCl2
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with holey carbon film, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot for 3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 80 K / 最高: 100 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification.
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Trideem
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV
日付2011年10月25日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 30 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.5 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 67000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 28.0 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 10700

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j6e

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross correlation
得られたモデル

PDB-3jao:
Ciliary microtubule doublet

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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