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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6287 | |||||||||
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タイトル | 2.8 Angstrom resolution reconstruction of the T20S proteasome | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the T20S proteasome at 2.8 Angstrom resolution | |||||||||
試料 |
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キーワード | Direct detectors / Image processing | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermoplasma acidophilum (好酸性) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Campbell MG / Veesler D / Cheng A / Potter CS / Carragher B | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2015 タイトル: 2.8 Å resolution reconstruction of the Thermoplasma acidophilum 20S proteasome using cryo-electron microscopy. 著者: Melody G Campbell / David Veesler / Anchi Cheng / Clinton S Potter / Bridget Carragher / 要旨: Recent developments in detector hardware and image-processing software have revolutionized single particle cryo-electron microscopy (cryoEM) and led to a wave of near-atomic resolution (typically ...Recent developments in detector hardware and image-processing software have revolutionized single particle cryo-electron microscopy (cryoEM) and led to a wave of near-atomic resolution (typically ∼3.3 Å) reconstructions. Reaching resolutions higher than 3 Å is a prerequisite for structure-based drug design and for cryoEM to become widely interesting to pharmaceutical industries. We report here the structure of the 700 kDa Thermoplasma acidophilum 20S proteasome (T20S), determined at 2.8 Å resolution by single-particle cryoEM. The quality of the reconstruction enables identifying the rotameric conformation adopted by some amino-acid side chains (rotamers) and resolving ordered water molecules, in agreement with the expectations for crystal structures at similar resolutions. The results described in this manuscript demonstrate that single particle cryoEM is capable of competing with X-ray crystallography for determination of protein structures of suitable quality for rational drug design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6287.map.gz | 17.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6287-v30.xml emd-6287.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6287.jpg | 124.2 KB | ||
その他 | emd_6287_additional_1.map.gz emd_6287_additional_2.map.gz emd_6287_half_map_1.map.gz emd_6287_half_map_2.map.gz | 80.7 MB 2 MB 80.9 MB 80.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6287 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6287 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6287_validation.pdf.gz | 77.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6287_full_validation.pdf.gz | 77 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6287_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6287 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6287 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6bdfMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10025 (タイトル: T20S Proteasome at 2.8 Å Resolution / Data size: 2.0 TB / Data #1: Raw movies [micrographs - multiframe] Data #2: Frame-averaged micrographs [micrographs - single frame] Data #3: Aligned multi-frame micrographs [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6287.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the T20S proteasome at 2.8 Angstrom resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.982 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: emd 6287 additional 1.map
ファイル | emd_6287_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: emd 6287 additional 2.map
ファイル | emd_6287_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: emd 6287 half map 1.map
ファイル | emd_6287_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: emd 6287 half map 2.map
ファイル | emd_6287_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : T20S Proteasome
全体 | 名称: T20S Proteasome |
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要素 |
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-超分子 #1000: T20S Proteasome
超分子 | 名称: T20S Proteasome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: D7 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 700 KDa |
-分子 #1: 20S proteasome
分子 | 名称: 20S proteasome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 28 / 集合状態: 28-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性) |
分子量 | 理論値: 700 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pREAR-A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.21 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl |
グリッド | 詳細: 1.2/1.3 C-Flat grid, plasma cleaned |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 95 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Vitrification carried out at room temperature. / 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 22,500 times magnification. |
日付 | 2014年9月5日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 192 / 平均電子線量: 53 e/Å2 詳細: Each movie was acquired over 7.6 seconds and comprises 38 frames. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37313 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 49954 |