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- EMDB-61469: The Cryo-EM structure of Kcnk13-S136P -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61469
タイトルThe Cryo-EM structure of Kcnk13-S136P
マップデータ
試料
  • 複合体: Homo dimeric of K2P-S136P.
    • タンパク質・ペプチド: Potassium channel subfamily K member 13
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: LINOLEIC ACID
  • リガンド: POTASSIUM ION
キーワードpotassium channel / microglia function / cryo-EM structure / neurodegenerative diseases / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of excitatory synapse pruning / Tandem pore domain halothane-inhibited K+ channel (THIK) / regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Phase 4 - resting membrane potential / potassium ion leak channel activity / regulation of resting membrane potential / outward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport ...regulation of excitatory synapse pruning / Tandem pore domain halothane-inhibited K+ channel (THIK) / regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Phase 4 - resting membrane potential / potassium ion leak channel activity / regulation of resting membrane potential / outward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / protein heterodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel, THIK / Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium channel subfamily K member 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Xinagyun F / Haichao J / Jin W / Ran Z / Baobin L
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)STI2030-Major Projects-2022ZD0207800 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371261 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32301011 中国
Ministry of Education (MoE, China)2632024ZD10 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Gating mechanism of the two-pore-domain potassium channel THIK1.
著者: Xiangyun Fang / Haichao Jin / Jin Wang / Ran Zhang / Baobin Li /
要旨: TWIK-related halothane-inhibited potassium channel (THIK1) maintains the resting membrane potential and regulates potassium efflux in microglia. It is a potential therapeutic target for ...TWIK-related halothane-inhibited potassium channel (THIK1) maintains the resting membrane potential and regulates potassium efflux in microglia. It is a potential therapeutic target for neurodegenerative disorders, neuropathic pain and inflammation. However, the mechanism underlying its function remains unclear. Here we used cryo-electron microscopy to solve the structures of full-length human THIK1, revealing two inner gates and a C-type selectivity filter gate, distinct from other two-pore-domain potassium channels. One inner gate, formed by a short helix in the distal C terminus, introduces a unique gating mechanism involving the distal cytoplasmic domain. The other, beneath the selectivity filter, is constricted by Y273 in the M4 helix, dividing the cavity. In addition, the selectivity filter gate is modulated by polyunsaturated fatty acids. These structural insights into THIK1 gating, through the distal C-terminal helices, hydrophilic residues and selectivity filter, advance our understanding of THIK1's role in microglial homeostasis and neuropathologies.
履歴
登録2024年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61469.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61469.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 240 pix.
= 223.68 Å		0.93 Å/pix.
x 240 pix.
= 223.68 Å		0.93 Å/pix.
x 240 pix.
= 223.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.358
最小 - 最大-0.88223755 - 1.6020467
平均 (標準偏差)0.00018511589 (±0.04196212)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 223.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61469_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61469_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homo dimeric of K2P-S136P.

全体名称: Homo dimeric of K2P-S136P.
要素
  • 複合体: Homo dimeric of K2P-S136P.
    • タンパク質・ペプチド: Potassium channel subfamily K member 13
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: LINOLEIC ACID
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: Homo dimeric of K2P-S136P.

超分子名称: Homo dimeric of K2P-S136P. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Potassium channel subfamily K member 13

分子名称: Potassium channel subfamily K member 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.955248 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ARFLLLAALI VLYLLGGAAV FSALELAHER QAKQRWEERL ANFSRGHNLS RDELRGFLRH YEEATRAGIR VDNVRPRWDF TGAFYFVGT VVSTIGFGMT TPATVGGKIF LIFYGLVGCP STILFFNLFL ERLITIIAYI MKSCHQRQLR RRGALPQESL K DAGQCEVD ...文字列:
ARFLLLAALI VLYLLGGAAV FSALELAHER QAKQRWEERL ANFSRGHNLS RDELRGFLRH YEEATRAGIR VDNVRPRWDF TGAFYFVGT VVSTIGFGMT TPATVGGKIF LIFYGLVGCP STILFFNLFL ERLITIIAYI MKSCHQRQLR RRGALPQESL K DAGQCEVD SLAGWKPSVY YVMLILCTAS ILISCCASAM YTPIEGWSYF DSLYFCFVAF STIGFGDLVS SQNAHYESQG LY RFANFVF ILMGVCCIYS LFNVISILIK QSLNWILRKM DSGCCP

UniProtKB: Potassium channel subfamily K member 13

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分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #3: LINOLEIC ACID

分子名称: LINOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: EIC
分子量理論値: 280.445 Da
Chemical component information

ChemComp-EIC:
LINOLEIC ACID / リノ-ル酸

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分子 #4: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 81279
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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