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- EMDB-60993: Cryo-EM structure of GPR55-Fab-Nb-ONO-9710531 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60993
タイトルCryo-EM structure of GPR55-Fab-Nb-ONO-9710531 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of GPR55 with anti-BRIL Fab and anti-Fab Nanobody
    • タンパク質・ペプチド: G-protein coupled receptor 55,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Light chain
    • タンパク質・ペプチド: anti-Fab Nanobody
  • リガンド: 4-(3-bromanyl-5-ethoxy-4-oxidanyl-phenyl)-~{N}-(2-methoxyphenyl)-2-methyl-5-oxidanylidene-4,6,7,8-tetrahydro-1~{H}-quinoline-3-carboxamide
キーワードGPCR / G protein / cryo-EM / membrane protein / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cannabinoid receptor activity / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / positive regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of osteoclast differentiation / bone resorption / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...cannabinoid receptor activity / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / positive regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of osteoclast differentiation / bone resorption / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / electron transfer activity / periplasmic space / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / G-protein coupled receptor 55
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Hua T / Liu ZJ / Cherezov V / Chang H / Li XT / Shen L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91953202 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2025
タイトル: Structure basis of ligand recognition and activation of GPR55.
著者: Hao Chang / Xiaoting Li / Ling Shen / Xuanrui Ge / Shuming Hao / Lijie Wu / Shenhui Liu / Junlin Liu / Vadim Cherezov / Tian Hua /
履歴
登録2024年7月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月1日-
マップ公開2025年1月1日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60993.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60993.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.001793825 - 1.6755103
平均 (標準偏差)0.001111285 (±0.023839077)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 239.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60993_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60993_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of GPR55 with anti-BRIL Fab and anti-Fab Nanobody

全体名称: Ternary complex of GPR55 with anti-BRIL Fab and anti-Fab Nanobody
要素
  • 複合体: Ternary complex of GPR55 with anti-BRIL Fab and anti-Fab Nanobody
    • タンパク質・ペプチド: G-protein coupled receptor 55,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab Light chain
    • タンパク質・ペプチド: anti-Fab Nanobody
  • リガンド: 4-(3-bromanyl-5-ethoxy-4-oxidanyl-phenyl)-~{N}-(2-methoxyphenyl)-2-methyl-5-oxidanylidene-4,6,7,8-tetrahydro-1~{H}-quinoline-3-carboxamide

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超分子 #1: Ternary complex of GPR55 with anti-BRIL Fab and anti-Fab Nanobody

超分子名称: Ternary complex of GPR55 with anti-BRIL Fab and anti-Fab Nanobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 173 KDa

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分子 #1: G-protein coupled receptor 55,Soluble cytochrome b562

分子名称: G-protein coupled receptor 55,Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.058051 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SGDCLFDGVN ELMKTLQFAV HIPTFVLGLL LNLLAIHVFS TFLKNRWPDY AATSIYMINL AVFDLLLVLS LPFKMVLSQV QSPFPSLCT LVECLYFVSM YGSVWTICFI SMDRFLAIRY PLLVSHLRSP RKAFGICCTI WVLVWTGSIP IYSFHGKVEK Y MCFHNMSD ...文字列:
SGDCLFDGVN ELMKTLQFAV HIPTFVLGLL LNLLAIHVFS TFLKNRWPDY AATSIYMINL AVFDLLLVLS LPFKMVLSQV QSPFPSLCT LVECLYFVSM YGSVWTICFI SMDRFLAIRY PLLVSHLRSP RKAFGICCTI WVLVWTGSIP IYSFHGKVEK Y MCFHNMSD DTWSAKVFFP LEVFGFLLPM GIMGFCCSRS IHILLGRRDH TQDWVQQKAC IYTIAASLAV FVVSFLPVHL GF FLQFLVR NSFIVECRAK QSISFFLQLS MCFSNVNCCL DVFIYYFVIK EFRMNIRAHR PSADLEDNWE TLNDNLKVIE KAD NAAQVK DALTKMRAAA LDAQKATPPK LEDKSPDSPE MKDFRHGFDI LVGQIDDALK LANEGKVKEA QAAAEQLKTT RNAY IQKYL ERARSTL

UniProtKB: G-protein coupled receptor 55, Soluble cytochrome b562

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分子 #2: anti-BRIL Fab Heavy chain

分子名称: anti-BRIL Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.152279 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: WSCIILFLVA TATGVHSEIS EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNVR SFSIHWVRQA PGKGLEWVAY ISSSSGSTSY ADSVKGRFT ISADTSKNTA YLQMNSLRAE DTAVYYCARW GYWPGEPWWK AFDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS K STSGGTAA ...文字列:
WSCIILFLVA TATGVHSEIS EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNVR SFSIHWVRQA PGKGLEWVAY ISSSSGSTSY ADSVKGRFT ISADTSKNTA YLQMNSLRAE DTAVYYCARW GYWPGEPWWK AFDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS K STSGGTAA LGCLVKDYFP EPVTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DK KVEPKS

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分子 #3: anti-BRIL Fab Light chain

分子名称: anti-BRIL Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.499129 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYLYYSLVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYLYYSLVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #4: anti-Fab Nanobody

分子名称: anti-Fab Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.390644 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
GSQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGRT ISRYAMSWFR QAPGKEREFV AVARRSGDGA FYADSVQGRF TVSRDDAKNT VYLQMNSLK PEDTAVYYCA IDSDTFYSGS YDYWGQGTQV TVSS

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分子 #5: 4-(3-bromanyl-5-ethoxy-4-oxidanyl-phenyl)-~{N}-(2-methoxyphenyl)-...

分子名称: 4-(3-bromanyl-5-ethoxy-4-oxidanyl-phenyl)-~{N}-(2-methoxyphenyl)-2-methyl-5-oxidanylidene-4,6,7,8-tetrahydro-1~{H}-quinoline-3-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1L3E
分子量理論値: 527.407 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ww2


詳細: GPR55:AlphaFOLD2 other:6WW2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 452996
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 145.1
得られたモデル

PDB-9iya:
Cryo-EM structure of GPR55-Fab-Nb-ONO-9710531 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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