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- EMDB-60745: Cryo-EM structure of cUA bound CapE filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60745
タイトルCryo-EM structure of cUA bound CapE filament
マップデータ
試料
  • 複合体: CapE
    • タンパク質・ペプチド: cUMP-AMP-activated phospholipase
  • リガンド: 3'3'-cUMP-AMP
キーワードCapE / patatin-like phospholipase protein / LIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A1 / phospholipase A1 activity / lipid catabolic process / fatty acid metabolic process / defense response to virus / membrane
類似検索 - 分子機能
Patatin-like phospholipase domain / Patatin-like phospholipase / Patatin-like phospholipase (PNPLA) domain profile. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase
類似検索 - ドメイン・相同性
cUMP-AMP-activated phospholipase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Gao A / Wang JG
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Cyclic-dinucleotide-induced filamentous assembly of phospholipases governs broad CBASS immunity.
著者: Jingge Wang / Zhao Li / Hao Lang / Wenfeng Fu / Yina Gao / Sen Yin / Panpan Sun / Zhaolong Li / Jiafeng Huang / Songqing Liu / Yun Zhu / Fei Sun / Dong Li / Pu Gao / Ang Gao /
要旨: Cyclic-oligonucleotide-based antiphage signaling systems (CBASS), a widespread antiviral bacterial immune system homologous to the mammalian cGAS-STING pathway, synthesizes cyclic nucleotide signals ...Cyclic-oligonucleotide-based antiphage signaling systems (CBASS), a widespread antiviral bacterial immune system homologous to the mammalian cGAS-STING pathway, synthesizes cyclic nucleotide signals and triggers effector proteins to induce cell death and prevent viral propagation. Among various CBASS effectors, phospholipase effectors are the first to be discovered and are one of the most widespread families that sense cyclic dinucleotides to degrade cell membrane phospholipids. Here, we report that CBASS phospholipases assemble from a dimeric inactive state into active higher-order filamentous oligomers upon sensing cyclic dinucleotides. Using a combined approach of cryo-electron microscopy and X-ray crystallography, we have determined the structures of CBASS phospholipase in the inactive dimeric state, the cyclic-dinucleotide-bound active higher-order state, and the substrate-analog-bound catalytic mimicry state, thereby visualizing the complete conformational reorganization process. Complemented by functional assays of intermolecular binding, phospholipase enzymatic activity, in vitro membrane disruption, and in vivo antiphage efficiency, our work elucidates the mechanisms of assembly and activation of CBASS phospholipases.
履歴
登録2024年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60745.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60745.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 248 pix.
= 337.28 Å		1.36 Å/pix.
x 248 pix.
= 337.28 Å		1.36 Å/pix.
x 248 pix.
= 337.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.023
最小 - 最大-0.1551653 - 0.21842419
平均 (標準偏差)0.000017562868 (±0.0071523916)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ248248248
Spacing248248248
セルA=B=C: 337.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60745_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60745_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CapE

全体名称: CapE
要素
  • 複合体: CapE
    • タンパク質・ペプチド: cUMP-AMP-activated phospholipase
  • リガンド: 3'3'-cUMP-AMP

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超分子 #1: CapE

超分子名称: CapE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: cUMP-AMP-activated phospholipase

分子名称: cUMP-AMP-activated phospholipase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phospholipase A1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 35.406938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTYSVSPSSL LTEYGNDNIC RVLALDGGGA KGFYTLGVLK EIEAMLGCPL YKRFDLVFGT STGAIIAALI ALGYEVDQIH ALYTEHVPR VMSSRSAAAR TMALQDLAKE VFQDKTFEDV LMGIGIVATR WMTERPMIFK GNVVQAHGRK GTFSPGFGVS I ADAVQASC ...文字列:
MTYSVSPSSL LTEYGNDNIC RVLALDGGGA KGFYTLGVLK EIEAMLGCPL YKRFDLVFGT STGAIIAALI ALGYEVDQIH ALYTEHVPR VMSSRSAAAR TMALQDLAKE VFQDKTFEDV LMGIGIVATR WMTERPMIFK GNVVQAHGRK GTFSPGFGVS I ADAVQASC SAYPFFERKV IVTAAGDKVE LIDGGYCANN PTLFAIADAT VALKKDHKDI RVINVGVGIY PEPKPGLLMR IA KKWLAVQ LLQKTLEINT QSMDQLRDIL FKDIPTIRIS DTFERPEMAT DLLEYNLDKL NTLRQRGRES FGAREAQLRE FLI

UniProtKB: cUMP-AMP-activated phospholipase

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分子 #2: 3'3'-cUMP-AMP

分子名称: 3'3'-cUMP-AMP / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: A1AEP
分子量理論値: 635.372 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 249892
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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