[日本語] English
万見
- EMDB-6000: Full virus map of Brome Mosaic Virus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6000
タイトルFull virus map of Brome Mosaic Virus
マップデータfull BMV map with combined data
試料
  • 試料: brome mosaic virus
  • ウイルス: Brome mosaic virus (ウイルス)
機能・相同性Bromovirus coat protein / Bromovirus coat protein / T=3 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Brome mosaic virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wang Z / Hryc FC / Bammes B / Afonine PV / Jakana J / Chen DH / Liu XA / Baker ML / Kao C / Ludtke SJ ...Wang Z / Hryc FC / Bammes B / Afonine PV / Jakana J / Chen DH / Liu XA / Baker ML / Kao C / Ludtke SJ / Schmid MF / Adams PD / Chiu W
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: An atomic model of brome mosaic virus using direct electron detection and real-space optimization.
著者: Zhao Wang / Corey F Hryc / Benjamin Bammes / Pavel V Afonine / Joanita Jakana / Dong-Hua Chen / Xiangan Liu / Matthew L Baker / Cheng Kao / Steven J Ludtke / Michael F Schmid / Paul D Adams / Wah Chiu /
要旨: Advances in electron cryo-microscopy have enabled structure determination of macromolecules at near-atomic resolution. However, structure determination, even using de novo methods, remains ...Advances in electron cryo-microscopy have enabled structure determination of macromolecules at near-atomic resolution. However, structure determination, even using de novo methods, remains susceptible to model bias and overfitting. Here we describe a complete workflow for data acquisition, image processing, all-atom modelling and validation of brome mosaic virus, an RNA virus. Data were collected with a direct electron detector in integrating mode and an exposure beyond the traditional radiation damage limit. The final density map has a resolution of 3.8 Å as assessed by two independent data sets and maps. We used the map to derive an all-atom model with a newly implemented real-space optimization protocol. The validity of the model was verified by its match with the density map and a previous model from X-ray crystallography, as well as the internal consistency of models from independent maps. This study demonstrates a practical approach to obtain a rigorously validated atomic resolution electron cryo-microscopy structure.
履歴
登録2014年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年8月20日-
マップ公開2014年9月10日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j7l
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j7m
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j7n
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j7l
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j7m
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j7n
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-6000_ima...

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6000.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 276 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full BMV map with combined data
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.99 Å/pix.
x 420 pix.
= 415.8 Å		0.99 Å/pix.
x 420 pix.
= 415.8 Å		0.99 Å/pix.
x 420 pix.
= 415.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.99 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 5.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-10.33948612 - 17.469449999999998
平均 (標準偏差)0.00000003 (±1.11417329)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 415.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.990.990.99
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z415.800415.800415.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-10.33917.4690.000

-
添付データ

-
添付マップデータ: emd 6000 additional 1.map

ファイルemd_6000_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
添付マップデータ: emd 6000 additional 2.map

ファイルemd_6000_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
添付マップデータ: emd 6000 additional 3.map

ファイルemd_6000_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
添付マップデータ: emd 6000 additional 4.map

ファイルemd_6000_additional_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
添付マップデータ: emd 6000 additional 5.map

ファイルemd_6000_additional_5.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : brome mosaic virus

全体名称: brome mosaic virus (ウイルス)
要素
  • 試料: brome mosaic virus
  • ウイルス: Brome mosaic virus (ウイルス)

-
超分子 #1000: brome mosaic virus

超分子名称: brome mosaic virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 4.6 MDa

-
超分子 #1: Brome mosaic virus

超分子名称: Brome mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 12302 / 生物種: Brome mosaic virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Triticum aestivum (コムギ) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 171.0 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
日付2013年1月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MPSA, EMAN / 使用した粒子像数: 30000

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る