+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xnl | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum | |||||||||||||||
要素 |
| |||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Photosystem II / PSII-LHCII / C2S2M2 / Supercomplex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting in photosystem II / PSII associated light-harvesting complex II / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting / regulation of stomatal movement / plastoglobule / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / response to abscisic acid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I ...photosynthesis, light harvesting in photosystem II / PSII associated light-harvesting complex II / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting / regulation of stomatal movement / plastoglobule / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / response to abscisic acid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / protein stabilization / electron transfer activity / iron ion binding / protein domain specific binding / calcium ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Pisum sativum (エンドウ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Su, X.D. / Ma, J. / Wei, X.P. / Cao, P. / Zhu, D.J. / Chang, W.R. / Liu, Z.F. / Zhang, X.Z. / Li, M. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Structure and assembly mechanism of plant CSM-type PSII-LHCII supercomplex. 著者: Xiaodong Su / Jun Ma / Xuepeng Wei / Peng Cao / Dongjie Zhu / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li / 要旨: In plants, the photosynthetic machinery photosystem II (PSII) consists of a core complex associated with variable numbers of light-harvesting complexes II (LHCIIs). The supercomplex, comprising a ...In plants, the photosynthetic machinery photosystem II (PSII) consists of a core complex associated with variable numbers of light-harvesting complexes II (LHCIIs). The supercomplex, comprising a dimeric core and two strongly bound and two moderately bound LHCIIs (CSM), is the dominant form in plants acclimated to limited light. Here we report cryo-electron microscopy structures of two forms of CSM (termed stacked and unstacked) from at 2.7- and 3.2-angstrom resolution, respectively. In each CSM, the moderately bound LHCII assembles specifically with a peripheral antenna complex CP24-CP29 heterodimer and the strongly bound LHCII, to establish a pigment network that facilitates light harvesting at the periphery and energy transfer into the core. The high mobility of peripheral antennae, including the moderately bound LHCII and CP24, provides insights into functional regulation of plant PSII. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xnl.cif.gz | 2.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5xnl.ent.gz | 2.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xnl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xnl_validation.pdf.gz | 22 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5xnl_full_validation.pdf.gz | 23.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5xnl_validation.xml.gz | 465.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xnl_validation.cif.gz | 574.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/5xnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/5xnl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-Chlorophyll a-b binding ... , 2種, 12分子 12GNY56gny37
#1: タンパク質 | 分子量: 24952.113 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 37-268 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P27490 #2: タンパク質 | 分子量: 26545.240 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-265 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q04918 |
---|
-Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein ... , 3種, 6分子 48RrSs
#3: タンパク質 | 分子量: 22858.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ3*PLUS #19: タンパク質 | 分子量: 27138.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ0*PLUS #20: タンパク質 | 分子量: 26541.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ1*PLUS |
---|
-Photosystem II ... , 14種, 28分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmTtWwXxZz
#4: タンパク質 | 分子量: 38147.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P06585, photosystem II #5: タンパク質 | 分子量: 56117.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9XQR6 #6: タンパク質 | 分子量: 52035.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P06004 #7: タンパク質 | 分子量: 39557.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P06006, photosystem II #10: タンパク質 | 分子量: 7863.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q9XQR3 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4184.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: D5MAJ9*PLUS #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4116.847 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P13555 #13: タンパク質 | 分子量: 6912.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: D5MAJ8 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4498.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P60147 #15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3756.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P69529 #21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4036.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q8HS25 #22: タンパク質 | 分子量: 5914.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ2*PLUS #23: タンパク質 | 分子量: 8692.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q8VYY1 #24: タンパク質 | 分子量: 6555.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q32902 |
---|
-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#8: タンパク質 | 分子量: 9421.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P13554 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4488.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P62096*PLUS |
---|
-Oxygen-evolving enhancer protein ... , 3種, 6分子 OoPpQq
#16: タンパク質 | 分子量: 26554.646 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 82-329 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P14226 #17: タンパク質 | 分子量: 20287.494 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 74-259 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P16059 #18: タンパク質 | 分子量: 16398.898 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 87-234 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: Q7Y1T5 |
---|
-糖 , 1種, 10分子
#39: 糖 | ChemComp-DGD / |
---|
-非ポリマー , 17種, 1556分子
#25: 化合物 | ChemComp-CHL / #26: 化合物 | ChemComp-CLA / #27: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #28: 化合物 | ChemComp-XAT / ( #29: 化合物 | ChemComp-NEX / ( #30: 化合物 | ChemComp-LHG / #31: 化合物 | ChemComp-BCR / #32: 化合物 | #33: 化合物 | #34: 化合物 | ChemComp-CL / #35: 化合物 | ChemComp-PHO / #36: 化合物 | ChemComp-SQD / #37: 化合物 | ChemComp-LMG / #38: 化合物 | ChemComp-PL9 / |
---|