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- PDB-5wlc: The complete structure of the small subunit processome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wlc
タイトルThe complete structure of the small subunit processome
要素
  • 18S pre-rRNA
  • 5' ETS
  • Bms1
  • Bud21
  • Emg1
  • Enp1
  • Enp2
  • Faf1
  • Fcf2
  • Imp3
  • Imp4
  • Kre33
  • Krr1
  • Lcp5
  • Mpp10
  • Noc4
  • Nop1
  • Nop14
  • Nop56
  • Nop58
  • Pno1
  • Rcl1
  • Rrp5
  • Rrp7
  • Rrp9
  • Rrt14
  • Sas10
  • Snu13
  • Sof1
  • U3 snoRNA
  • Unassigned peptides
  • Utp1
  • Utp10
  • Utp11
  • Utp12
  • Utp13
  • Utp14
  • Utp15
  • Utp17
  • Utp18
  • Utp20
  • Utp21
  • Utp22
  • Utp24
  • Utp30
  • Utp4
  • Utp5
  • Utp6
  • Utp7
  • Utp8
  • Utp9
  • rpS11_uS17
  • rpS13_uS15
  • rpS14_uS11
  • rpS16_uS9
  • rpS18_uS13
  • rpS22_uS8
  • rpS23_uS12
  • rpS24_eS24
  • rpS28_eS28
  • rpS4_eS4
  • rpS5_uS7
  • rpS6_eS6
  • rpS7_eS7
  • rpS8_eS8
  • rpS9_uS4
キーワードRIBOSOME / Ribosome assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA wobble cytosine modification / regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / box H/ACA snoRNA binding / tRNA cytidine N4-acetyltransferase activity / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / 18S rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / Noc4p-Nop14p complex / RNA fragment catabolic process / tRNA acetylation ...tRNA wobble cytosine modification / regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / box H/ACA snoRNA binding / tRNA cytidine N4-acetyltransferase activity / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / 18S rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / Noc4p-Nop14p complex / RNA fragment catabolic process / tRNA acetylation / rRNA 2'-O-methylation / CURI complex / UTP-C complex / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / t-UTP complex / nuclear microtubule / Mpp10 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / regulation of rRNA processing / box C/D sno(s)RNA binding / septum digestion after cytokinesis / snRNA binding / tRNA re-export from nucleus / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rDNA heterochromatin / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of transcription by RNA polymerase I / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4/U6 snRNP / positive regulation of rRNA processing / tRNA export from nucleus / single-stranded telomeric DNA binding / rRNA primary transcript binding / rRNA base methylation / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / O-methyltransferase activity / small nuclear ribonucleoprotein complex / 90S preribosome assembly / rRNA methylation / histone H2AQ104 methyltransferase activity / mTORC1-mediated signalling / mRNA modification / U4 snRNP / U3 snoRNA binding / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / poly(A)+ mRNA export from nucleus / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / snoRNA binding / precatalytic spliceosome / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / establishment of cell polarity / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / spliceosomal complex assembly / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / 90S preribosome / proteasome assembly / ribosomal subunit export from nucleus / RNA processing / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / ribosomal small subunit export from nucleus / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / RNA endonuclease activity / nuclear periphery / enzyme activator activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / small-subunit processome / spliceosomal complex / maintenance of translational fidelity / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / unfolded protein binding / peroxisome / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly
類似検索 - 分子機能
Regulator of rDNA transcription 14 / Regular of rDNA transcription protein 14 / : / NUC153 / Nucleolar protein 10/Enp2 / : / : / NUC153 domain / Nucleolar protein 10-like, second domain / Nucleolar protein 10-like, N-terminal domain ...Regulator of rDNA transcription 14 / Regular of rDNA transcription protein 14 / : / NUC153 / Nucleolar protein 10/Enp2 / : / : / NUC153 domain / Nucleolar protein 10-like, second domain / Nucleolar protein 10-like, N-terminal domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / : / Utp8, N-terminal beta propeller / Utp8, C-terminal / rRNA biogenesis protein Rrp5 / : / : / U3 snoRNA associated / Nucleolar complex protein 4 / U3 snoRNA associated / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / Possible tRNA binding domain / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Possible tRNA binding domain / Helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / TmcA/NAT10/Kre33 / RNA cytidine acetyltransferase NAT10/TcmA, helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / GNAT acetyltransferase 2 / Nucleolar protein 14 / Nop14-like family / WD repeat-containing protein 75 second beta-propeller / NOL6/Upt22 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein, domain 2 / Nrap protein, domain 3 / Nrap protein, domain 4 / Nrap protein, domain 5 / Nrap protein, domain 6 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein PAP/OAS-like domain / Nrap protein domain 3 / Nrap protein nucleotidyltransferase domain 4 / Nrap protein PAP/OAS1-like domain 5 / Nrap protein domain 6 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / Ribosomal RNA-processing protein 7, C-terminal domain / Ribosomal RNA-processing protein 7 / Rrp7, RRM-like N-terminal domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / Ribosomal RNA-processing protein 7 (RRP7) C-terminal domain / Rrp7 RRM-like N-terminal domain / Small-subunit processome, Utp11 / Sof1-like protein / BING4, C-terminal domain / Fcf2 pre-rRNA processing, C-terminal / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / Fcf2/DNTTIP2 / WD repeat-containing protein WDR46/Utp7 / : / : / Utp11 protein / Sof1-like domain / BING4CT (NUC141) domain / Fcf2 pre-rRNA processing / BING4CT (NUC141) domain / : / Small-subunit processome, Utp14 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15, C-terminal / Utp14 protein / UTP15 C terminal / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Sas10 C-terminal domain / Fcf1 / Sas10 C-terminal domain / Nucleolar protein 58/56, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / NOP5NT (NUC127) domain / : / BP28, C-terminal domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / : / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / HEATR1-like, HEAT repeats / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13, C-terminal / Periodic tryptophan protein 2 / Utp13 specific WD40 associated domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Rps5p / KRR1 small subunit processome component / Regulator of rDNA transcription 14 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Rps5p / KRR1 small subunit processome component / Regulator of rDNA transcription 14 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / Regulator of rDNA transcription 14 / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Small ribosomal subunit protein uS12A / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Ribosomal RNA-processing protein 7 / Periodic tryptophan protein 2 / Small ribosomal subunit protein eS7A / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Protein SOF1 / Ribosome biogenesis protein UTP30 / Essential nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / Protein FAF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / Ribosome biogenesis protein ENP2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / RNA cytidine acetyltransferase / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / NET1-associated nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / rRNA biogenesis protein RRP5 / rRNA-processing protein FCF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / Nucleolar complex protein 4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / rRNA processing protein RCL1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 16 / Ribosome biogenesis protein BMS1 / rRNA-processing protein FCF2 / Something about silencing protein 10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / Nucleolar protein 56 / Nucleolar protein 58 / Small ribosomal subunit protein eS28A / Nucleolar complex protein 14 / Pre-rRNA-processing protein PNO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Barandun, J. / Chaker-Margot, M. / Hunziker, M. / Klinge, S.
資金援助 米国, European Union, スイス, カナダ, フランス, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM123459 米国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 51-2014European Union
Swiss National Science Foundation155515 スイス
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)PGS-D カナダ
Human Frontier Science Program (HFSP) フランス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: The complete structure of the small-subunit processome.
著者: Jonas Barandun / Malik Chaker-Margot / Mirjam Hunziker / Kelly R Molloy / Brian T Chait / Sebastian Klinge /
要旨: The small-subunit processome represents the earliest stable precursor of the eukaryotic small ribosomal subunit. Here we present the cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae small-subunit ...The small-subunit processome represents the earliest stable precursor of the eukaryotic small ribosomal subunit. Here we present the cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae small-subunit processome at an overall resolution of 3.8 Å, which provides an essentially complete near-atomic model of this assembly. In this nucleolar superstructure, 51 ribosome-assembly factors and two RNAs encapsulate the 18S rRNA precursor and 15 ribosomal proteins in a state that precedes pre-rRNA cleavage at site A1. Extended flexible proteins are employed to connect distant sites in this particle. Molecular mimicry and steric hindrance, as well as protein- and RNA-mediated RNA remodeling, are used in a concerted fashion to prevent the premature formation of the central pseudoknot and its surrounding elements within the small ribosomal subunit.
履歴
登録2017年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8859
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L0: 5' ETS
L1: 18S pre-rRNA
L2: U3 snoRNA
L3: rpS18_uS13
L4: rpS4_eS4
L5: rpS5_uS7
L6: rpS6_eS6
L7: rpS7_eS7
L8: rpS8_eS8
L9: rpS9_uS4
LC: rpS16_uS9
LD: rpS11_uS17
LE: rpS22_uS8
LF: rpS24_eS24
LG: rpS28_eS28
LH: Utp17
LI: Utp8
LJ: Utp15
LK: Utp9
LL: Utp5
LM: Utp10
LN: Utp4
LO: Utp1
LP: Utp6
LQ: Utp12
LR: Utp13
LS: Utp18
LT: Utp21
LU: Sof1
LV: Enp2
LW: Utp7
LX: Kre33
LY: Kre33
LZ: Imp3
NA: Mpp10
NB: Sas10
NC: Lcp5
ND: Bud21
NE: Faf1
NF: rpS13_uS15
NG: rpS14_uS11
NH: Utp22
NI: Rrp7
NJ: Rrp5
NK: Krr1
SA: Nop56
SB: Nop58
SC: Nop1
SD: Nop1
SE: Snu13
SF: Snu13
SG: Rrp9
SH: Rcl1
SI: Bms1
SJ: Emg1
SK: Emg1
SL: Utp24
SM: Imp4
SN: Utp30
SO: Pno1
SP: Utp20
SQ: Fcf2
SR: rpS23_uS12
SS: Utp14
ST: Nop14
SU: Noc4
SV: Rrt14
SX: Unassigned peptides
SY: Utp11
SZ: Enp1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,499,17571
ポリマ－4,499,11070
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 L0L1L2

#1: RNA鎖 5' ETS


分子量: 225543.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: GenBank: 1262303
#2: RNA鎖 18S pre-rRNA


分子量: 582052.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: GenBank: 874346701
#3: RNA鎖 U3 snoRNA


分子量: 106503.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: GenBank: 176452

+
タンパク質 , 63種, 67分子 L3L4L5L6L7L8L9LCLDLELFLGLHLILJLKLLLMLNLOLPLQLRLSLTLULVLWLXLY...

#4: タンパク質 rpS18_uS13


分子量: 16773.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX55
#5: タンパク質 rpS4_eS4


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX35
#6: タンパク質 rpS5_uS7


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A1L4AA68
#7: タンパク質 rpS6_eS6


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX37
#8: タンパク質 rpS7_eS7


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P26786
#9: タンパク質 rpS8_eS8


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX39
#10: タンパク質 rpS9_uS4


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: O13516
#11: タンパク質 rpS16_uS9


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX51
#12: タンパク質 rpS11_uS17


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX47
#13: タンパク質 rpS22_uS8


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0C0W1
#14: タンパク質 rpS24_eS24


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX31
#15: タンパク質 rpS28_eS28


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q3E7X9
#16: タンパク質 Utp17


分子量: 100960.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q02931
#17: タンパク質 Utp8


分子量: 65572.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P53276
#18: タンパク質 Utp15


分子量: 57765.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q04305
#19: タンパク質 Utp9


分子量: 64378.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P38882
#20: タンパク質 Utp5


分子量: 72079.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q04177
#21: タンパク質 Utp10


分子量: 200020.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P42945
#22: タンパク質 Utp4


分子量: 87316.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q06679
#23: タンパク質 Utp1


分子量: 104097.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P25635
#24: タンパク質 Utp6


分子量: 48437.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q02354
#25: タンパク質 Utp12


分子量: 105037.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12220
#26: タンパク質 Utp13


分子量: 75035.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q05946
#27: タンパク質 Utp18


分子量: 66494.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P40362
#28: タンパク質 Utp21


分子量: 104927.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q06078
#29: タンパク質 Sof1


分子量: 56888.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P33750
#30: タンパク質 Enp2


分子量: 81864.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P48234
#31: タンパク質 Utp7


分子量: 62418.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P40055
#32: タンパク質 Kre33


分子量: 95337.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
参照: UniProt: P53914, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#33: タンパク質 Imp3


分子量: 21928.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P32899
#34: タンパク質 Mpp10


分子量: 67042.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P47083
#35: タンパク質 Sas10


分子量: 69705.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12136
#36: タンパク質 Lcp5


分子量: 40864.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P40079
#37: タンパク質 Bud21


分子量: 23835.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q08492
#38: タンパク質 Faf1


分子量: 38173.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P40546
#39: タンパク質 rpS13_uS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P05756
#40: タンパク質 rpS14_uS11


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P06367
#41: タンパク質 Utp22


分子量: 140660.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P53254
#42: タンパク質 Rrp7


分子量: 34526.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P25368
#43: タンパク質 Rrp5


分子量: 193411.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q05022
#44: タンパク質 Krr1


分子量: 37226.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: B3LU25
#45: タンパク質 Nop56


分子量: 56394.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12460
#46: タンパク質 Nop58


分子量: 53814.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12499
#47: タンパク質 Nop1


分子量: 34525.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
参照: UniProt: P15646, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#48: タンパク質 Snu13


分子量: 13582.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P39990
#49: タンパク質 Rrp9


分子量: 65146.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q06506
#50: タンパク質 Rcl1


分子量: 40220.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q08096
#51: タンパク質 Bms1


分子量: 135152.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q08965
#52: タンパク質 Emg1


分子量: 27936.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
参照: UniProt: Q06287, rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1
#53: タンパク質 Utp24


分子量: 21650.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q05498
#54: タンパク質 Imp4


分子量: 33536.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P53941
#55: タンパク質 Utp30


分子量: 31668.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P36144
#56: タンパク質 Pno1


分子量: 30380.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q99216
#57: タンパク質 Utp20


分子量: 83590.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
#58: タンパク質 Fcf2


分子量: 25689.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12035
#59: タンパク質 rpS23_uS12


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CY39
#60: タンパク質 Utp14


分子量: 101101.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q04500
#61: タンパク質 Nop14


分子量: 85993.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q99207
#62: タンパク質 Noc4


分子量: 58369.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: Q06512
#63: タンパク質 Rrt14


分子量: 21036.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: B5VKI1, UniProt: E9P9B2
#64: タンパク質 Unassigned peptides


分子量: 8783.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741
#65: タンパク質 Utp11


分子量: 29806.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: B5VM59
#66: タンパク質 Enp1


分子量: 55207.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
株: BY4741 / 参照: UniProt: P38333

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非ポリマー , 1種, 1分子

#67: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Small subunit processome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#66 / 由来: NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)
緩衝液pH: 7.7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris(HOCH2)3CNH21
2150 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMEDTA(HO2CCH2)2NCH2CH2N(CH2CO2H)21
40.1 %Triton X-1001
55 mMbiotin1
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 50 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Ted Pella Inc.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 1.56 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 10029
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
13PHENIX1.12rc1モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 772120
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 284213 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 338.9 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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