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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wen | ||||||||||||||||||
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タイトル | GluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 2 | ||||||||||||||||||
要素 | Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein | ||||||||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Ion channel | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / response to lithium ion / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / response to lithium ion / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / glutamate-gated receptor activity / response to fungicide / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ionotropic glutamate receptor binding / somatodendritic compartment / dendrite membrane / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / establishment of protein localization / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Twomey, E.C. / Yelshanskaya, M.V. / Grassucci, R.A. / Frank, J. / Sobolevsky, A.I. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Channel opening and gating mechanism in AMPA-subtype glutamate receptors. 著者: Edward C Twomey / Maria V Yelshanskaya / Robert A Grassucci / Joachim Frank / Alexander I Sobolevsky / 要旨: AMPA (α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole propionic acid)-subtype ionotropic glutamate receptors mediate fast excitatory neurotransmission throughout the central nervous system. Gated by the ...AMPA (α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole propionic acid)-subtype ionotropic glutamate receptors mediate fast excitatory neurotransmission throughout the central nervous system. Gated by the neurotransmitter glutamate, AMPA receptors are critical for synaptic strength, and dysregulation of AMPA receptor-mediated signalling is linked to numerous neurological diseases. Here we use cryo-electron microscopy to solve the structures of AMPA receptor-auxiliary subunit complexes in the apo, antagonist- and agonist-bound states and determine the iris-like mechanism of ion channel opening. The ion channel selectivity filter is formed by the extended portions of the re-entrant M2 loops, while the helical portions of M2 contribute to extensive hydrophobic interfaces between AMPA receptor subunits in the ion channel. We show how the permeation pathway changes upon channel opening and identify conformational changes throughout the entire AMPA receptor that accompany activation and desensitization. Our findings provide a framework for understanding gating across the family of ionotropic glutamate receptors and the role of AMPA receptors in excitatory neurotransmission. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 5wen.cif.gz | 622.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wen.ent.gz | 513.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wen.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5wen_validation.pdf.gz | 929.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5wen_full_validation.pdf.gz | 972.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5wen_validation.xml.gz | 94 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5wen_validation.cif.gz | 140.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5wen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/5wen | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8822MC 8819C 8820C 8821C 8823C 5wekC 5welC 5wemC 5weoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 117471.211 Da / 分子数: 4 断片: UNP residues 25-847 and UNP residues 2-238 linked via LINKER GTG,UNP residues 25-847 and UNP residues 2-238 linked via LINKER GTG 変異: N241E, V382L, G384E, N385D, N392Q, V1151L,N241E, V382L, G384E, N385D, N392Q, V1151L 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 遺伝子: Gria2, Glur2, Gsg1l / 細胞株 (発現宿主): HEK293 gnti-, HEK gnti- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19491, UniProt: D3Z7H4 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: GluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: GluA2 bound to GSG1L in digitonin, state 2 |
試料支持 | 詳細: Gold-gold grids, hydrogen and oxygen glow discharge (20s, 10 watts, 6.4 sccm H2, 27.5 sccm O2) グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 67 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18926 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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