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万見
- PDB-5urx: Structure of the contracted type VI secretion system sheath in My... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5urx
タイトルStructure of the contracted type VI secretion system sheath in Myxococcus xanthus
要素
  • TssB
  • TssC
キーワードPROTEIN TRANSPORT / T6SS / type IV secretion / protein machine / secretion system / sheath / contractile
機能・相同性Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Type VI secretion protein / Type VI secretion system-associated protein
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 28 Å
データ登録者Chang, Y.-W. / Rettberg, L.A. / Jensen, G.J.
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2017
タイトル: structures of an intact type VI secretion system revealed by electron cryotomography.
著者: Yi-Wei Chang / Lee A Rettberg / Davi R Ortega / Grant J Jensen /
要旨: The type VI secretion system (T6SS) is a versatile molecular weapon used by many bacteria against eukaryotic hosts or prokaryotic competitors. It consists of a cytoplasmic bacteriophage tail-like ...The type VI secretion system (T6SS) is a versatile molecular weapon used by many bacteria against eukaryotic hosts or prokaryotic competitors. It consists of a cytoplasmic bacteriophage tail-like structure anchored in the bacterial cell envelope via a cytoplasmic baseplate and a periplasmic membrane complex. Rapid contraction of the sheath in the bacteriophage tail-like structure propels an inner tube/spike complex through the target cell envelope to deliver effectors. While structures of purified contracted sheath and purified membrane complex have been solved, because sheaths contract upon cell lysis and purification, no structure is available for the extended sheath. Structural information about the baseplate is also lacking. Here, we use electron cryotomography to directly visualize intact T6SS structures inside cells. Using sub-tomogram averaging, we resolve the structure of the extended sheath and membrane-associated components including the baseplate. Moreover, we identify novel extracellular bacteriophage tail fiber-like antennae. These results provide new structural insights into how the extended sheath prevents premature disassembly and how this sophisticated machine may recognize targets.
履歴
登録2017年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans / em_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8602
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8602
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: TssB
1B: TssC
1C: TssB
1D: TssC
1E: TssB
1F: TssC
1G: TssB
1H: TssC
1I: TssB
1J: TssC
1K: TssB
1L: TssC
2A: TssB
2B: TssC
2C: TssB
2D: TssC
2E: TssB
2F: TssC
2G: TssB
2H: TssC
2I: TssB
2J: TssC
2K: TssB
2L: TssC
3A: TssB
3B: TssC
3C: TssB
3D: TssC
3E: TssB
3F: TssC
3G: TssB
3H: TssC
3I: TssB
3J: TssC
3K: TssB
3L: TssC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,335,69236
ポリマ－1,335,69236
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
TssB


分子量: 18016.617 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 株: DK 1622 / 参照: UniProt: Q1D305
#2: タンパク質
TssC


分子量: 56188.469 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 株: DK 1622 / 参照: UniProt: Q1D304

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Type VI secretion system / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2UCSFTomo画像取得
4IMODCTF補正
11PEET最終オイラー角割当
12PEET分類
13TOMO3D３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 28 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 407 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 24 / Num. of volumes extracted: 407

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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