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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5t7v | ||||||
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タイトル | Methicillin Resistant, Linezolid resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta S145 uL3) | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / 70S ribosome / methicillin resistant / linezolid resistant / cryoEM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Belousoff, M.J. / Lithgow, T. / Eyal, Z. / Yonath, A. / Radjainia, M. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: mBio / 年: 2017 タイトル: Structural Basis for Linezolid Binding Site Rearrangement in the Ribosome. 著者: Matthew J Belousoff / Zohar Eyal / Mazdak Radjainia / Tofayel Ahmed / Rebecca S Bamert / Donna Matzov / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Satabdi Mishra / David Cameron / Hans Elmlund / Anton Y ...著者: Matthew J Belousoff / Zohar Eyal / Mazdak Radjainia / Tofayel Ahmed / Rebecca S Bamert / Donna Matzov / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Satabdi Mishra / David Cameron / Hans Elmlund / Anton Y Peleg / Shashi Bhushan / Trevor Lithgow / Ada Yonath / 要旨: An unorthodox, surprising mechanism of resistance to the antibiotic linezolid was revealed by cryo-electron microscopy (cryo-EM) in the 70S ribosomes from a clinical isolate of This high-resolution ...An unorthodox, surprising mechanism of resistance to the antibiotic linezolid was revealed by cryo-electron microscopy (cryo-EM) in the 70S ribosomes from a clinical isolate of This high-resolution structural information demonstrated that a single amino acid deletion in ribosomal protein uL3 confers linezolid resistance despite being located 24 Å away from the linezolid binding pocket in the peptidyl-transferase center. The mutation induces a cascade of allosteric structural rearrangements of the rRNA that ultimately results in the alteration of the antibiotic binding site. The growing burden on human health caused by various antibiotic resistance mutations now includes prevalent resistance to last-line antimicrobial drugs such as linezolid and daptomycin. Structure-informed drug modification represents a frontier with respect to designing advanced clinical therapies, but success in this strategy requires rapid, facile means to shed light on the structural basis for drug resistance (D. Brown, Nat Rev Drug Discov 14:821-832, 2015, https://doi.org/10.1038/nrd4675). Here, detailed structural information demonstrates that a common mechanism is at play in linezolid resistance and provides a step toward the redesign of oxazolidinone antibiotics, a strategy that could thwart known mechanisms of linezolid resistance. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5t7v.cif.gz | 2.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5t7v.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5t7v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/5t7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/5t7v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD
#1: RNA鎖 | 分子量: 500520.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 1102759359 |
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#14: RNA鎖 | 分子量: 945427.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 1015534143 |
#15: RNA鎖 | 分子量: 36652.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: GenBank: 1043615627 |
#42: RNA鎖 | 分子量: 23851.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
-30S ribosomal protein ... , 12種, 12分子 S1S2S3S6S7S8S9SASCSDSESF
#2: タンパク質 | 分子量: 9214.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A0H2K0A0 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 12146.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A077UKD6 |
#4: タンパク質 | 分子量: 15131.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8U1C6 |
#5: タンパク質 | 分子量: 10345.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8U6H8 |
#6: タンパク質 | 分子量: 8455.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A1K8TAS5 |
#7: タンパク質 | 分子量: 9623.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A077VLD5 |
#8: タンパク質 | 分子量: 6533.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A1D4K9U8 |
#9: タンパク質 | 分子量: 8295.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: A0A1K8EL93 |
#10: タンパク質 | 分子量: 22763.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8TVK2 |
#11: タンパク質 | 分子量: 16245.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8TUC9 |
#12: タンパク質 | 分子量: 10864.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8TPC6 |
#13: タンパク質 | 分子量: 14536.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: W8U8T8 |
+50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 L1L2L3L4L5L6L7L8L9LALBLCLDLELFLGLHLILJLLLMLNLOLPLQLR
-非ポリマー , 1種, 17分子
#43: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Clinical isolate Linezolid resistant MRSA 70S ribosome タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#42 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (dev_2429: phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80500 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |