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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5t4p | ||||||
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タイトル | Autoinhibited E. coli ATP synthase state 2 | ||||||
![]() | (ATP synthase ...) x 8 | ||||||
![]() | HYDROLASE / ATP synthase / ATPase / rotary motor / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / photosynthetic electron transport in photosystem I / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / photosynthetic electron transport in photosystem II / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism ...proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / photosynthetic electron transport in photosystem I / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / photosynthetic electron transport in photosystem II / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.77 Å | ||||||
![]() | Sobti, M. / Smits, C. / Wong, A.S.W. / Ishmukhametov, R. / Stock, D. / Sandin, S. / Stewart, A.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of the autoinhibited ATP synthase in three rotational states. 著者: Meghna Sobti / Callum Smits / Andrew Sw Wong / Robert Ishmukhametov / Daniela Stock / Sara Sandin / Alastair G Stewart / ![]() ![]() ![]() 要旨: A molecular model that provides a framework for interpreting the wealth of functional information obtained on the F-ATP synthase has been generated using cryo-electron microscopy. Three different ...A molecular model that provides a framework for interpreting the wealth of functional information obtained on the F-ATP synthase has been generated using cryo-electron microscopy. Three different states that relate to rotation of the enzyme were observed, with the central stalk's ε subunit in an extended autoinhibitory conformation in all three states. The F motor comprises of seven transmembrane helices and a decameric c-ring and invaginations on either side of the membrane indicate the entry and exit channels for protons. The proton translocating subunit contains near parallel helices inclined by ~30° to the membrane, a feature now synonymous with rotary ATPases. For the first time in this rotary ATPase subtype, the peripheral stalk is resolved over its entire length of the complex, revealing the F attachment points and a coiled-coil that bifurcates toward the membrane with its helices separating to embrace subunit from two sides. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 686.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 484.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-ATP synthase ... , 8種, 22分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUV
#1: タンパク質 | 分子量: 55138.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: B7MGF4, UniProt: P0ABB0*PLUS, H+-transporting two-sector ATPase #2: タンパク質 | 分子量: 51664.574 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: B7MGF2, UniProt: P0ABB4*PLUS, H+-transporting two-sector ATPase #3: タンパク質 | | 分子量: 31539.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 15087.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 17126.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #6: タンパク質 | | 分子量: 30324.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #7: タンパク質 | | 分子量: 19289.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 8259.064 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 4分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: ATP synthase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.558 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 29 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 7.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95345 / 対称性のタイプ: POINT |