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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5syf | ||||||
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タイトル | High-resolution cryo-EM reconstruction of Taxol-stabilized microtubule | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Taxol / microtubule | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kellogg, E.H. / Nogales, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2017 タイトル: Insights into the Distinct Mechanisms of Action of Taxane and Non-Taxane Microtubule Stabilizers from Cryo-EM Structures. 著者: Elizabeth H Kellogg / Nisreen M A Hejab / Stuart Howes / Peter Northcote / John H Miller / J Fernando Díaz / Kenneth H Downing / Eva Nogales / 要旨: A number of microtubule (MT)-stabilizing agents (MSAs) have demonstrated or predicted potential as anticancer agents, but a detailed structural basis for their mechanism of action is still lacking. ...A number of microtubule (MT)-stabilizing agents (MSAs) have demonstrated or predicted potential as anticancer agents, but a detailed structural basis for their mechanism of action is still lacking. We have obtained high-resolution (3.9-4.2Å) cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstructions of MTs stabilized by the taxane-site binders Taxol and zampanolide, and by peloruside, which targets a distinct, non-taxoid pocket on β-tubulin. We find that each molecule has unique distinct structural effects on the MT lattice structure. Peloruside acts primarily at lateral contacts and has an effect on the "seam" of heterologous interactions, enforcing a conformation more similar to that of homologous (i.e., non-seam) contacts by which it regularizes the MT lattice. In contrast, binding of either Taxol or zampanolide induces MT heterogeneity. In doubly bound MTs, peloruside overrides the heterogeneity induced by Taxol binding. Our structural analysis illustrates distinct mechanisms of these drugs for stabilizing the MT lattice and is of relevance to the possible use of combinations of MSAs to regulate MT activity and improve therapeutic potential. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5syf.cif.gz | 186.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5syf.ent.gz | 144.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5syf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/5syf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/5syf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 26
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3 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 26 / Rise per n subunits: 9.48 Å / Rotation per n subunits: -27.7 °) |
-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48679.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: B6A7R0, UniProt: Q2XVP4*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 47825.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02554 |
-非ポリマー , 4種, 4分子
#3: 化合物 | ChemComp-GTP / |
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#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#6: 化合物 | ChemComp-TA1 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of Taxol-stabilized microtubule lattice, alpha-tubulin, and beta-tubulin タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Protochips CF-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: Blot for 4 seconds, blot force 10, before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV). |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 27500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1100 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER 最高温度: 93 K / 最低温度: 93 K |
撮影 | 平均露光時間: 0.3 sec. / 電子線照射量: 8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 312 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -27.7 ° / 軸方向距離/サブユニット: 9.48 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 27275 詳細: Microtubule filaments were manually selected using manualpicker.py. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17069 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient |