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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5odv | ||||||
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タイトル | Structure of Watermelon mosaic virus potyvirus. | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / filamentous virus / potyvirus / plant pathogen | ||||||
機能・相同性 | Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / viral capsid / RNA / Coat protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Watermelon mosaic virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Zamora, M. / Mendez-Lopez, E. / Agirrezabala, X. / Cuesta, R. / Lavin, J.L. / Sanchez-Pina, M.A. / Aranda, M. / Valle, M. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017 タイトル: Potyvirus virion structure shows conserved protein fold and RNA binding site in ssRNA viruses. 著者: Miguel Zamora / Eduardo Méndez-López / Xabier Agirrezabala / Rebeca Cuesta / José L Lavín / M Amelia Sánchez-Pina / Miguel A Aranda / Mikel Valle / 要旨: Potyviruses constitute the second largest genus of plant viruses and cause important economic losses in a large variety of crops; however, the atomic structure of their particles remains unknown. ...Potyviruses constitute the second largest genus of plant viruses and cause important economic losses in a large variety of crops; however, the atomic structure of their particles remains unknown. Infective potyvirus virions are long flexuous filaments where coat protein (CP) subunits assemble in helical mode bound to a monopartite positive-sense single-stranded RNA [(+)ssRNA] genome. We present the cryo-electron microscopy (cryoEM) structure of the potyvirus watermelon mosaic virus at a resolution of 4.0 Å. The atomic model shows a conserved fold for the CPs of flexible filamentous plant viruses, including a universally conserved RNA binding pocket, which is a potential target for antiviral compounds. This conserved fold of the CP is widely distributed in eukaryotic viruses and is also shared by nucleoproteins of enveloped viruses with segmented (-)ssRNA (negative-sense ssRNA) genomes, including influenza viruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5odv.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5odv.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5odv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5odv_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5odv_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5odv_validation.xml.gz | 135.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5odv_validation.cif.gz | 178.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/5odv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/5odv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31463.412 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 詳細: 57 residues from N-terminus and 17 residues from C-terminus are not present in our pdb model due to the absence of densities for them in the cryo-electron microscopy map as a consequence of ...詳細: 57 residues from N-terminus and 17 residues from C-terminus are not present in our pdb model due to the absence of densities for them in the cryo-electron microscopy map as a consequence of being high flexible regions in the protein. 由来: (天然) Watermelon mosaic virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q70J31 #2: RNA鎖 | 分子量: 1485.872 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Watermelon mosaic virus (ウイルス) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Watermelon mosaic virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Watermelon mosaic virus (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 35 / 利用したフレーム数/画像: 2-27 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -40.87 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.99 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50045 / 対称性のタイプ: HELICAL |