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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nem | ||||||||||||
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タイトル | Localised reconstruction of alpha v beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O PanAsia - Pose A. | ||||||||||||
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![]() | VIRUS / Foot and Mouth Disease Virus / FMDV / OpanAsia / virus-receptor / complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() icosahedral viral capsid / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex ...icosahedral viral capsid / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / enamel mineralization / extracellular matrix protein binding / modulation by virus of host chromatin organization / bronchiole development / RNA-protein covalent cross-linking / Laminin interactions / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / phospholipid homeostasis / : / negative regulation of lipid transport / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / regulation of phagocytosis / Elastic fibre formation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / surfactant homeostasis / filopodium membrane / extracellular matrix binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of intracellular signal transduction / cell adhesion mediated by integrin / skin development / microvillus membrane / negative chemotaxis / Syndecan interactions / lung alveolus development / cell-substrate adhesion / endodermal cell differentiation / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / positive regulation of cell adhesion / ECM proteoglycans / voltage-gated calcium channel activity / vasculogenesis / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / specific granule membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / phagocytic vesicle / ERK1 and ERK2 cascade / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cell-matrix adhesion / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / Signal transduction by L1 / molecular function activator activity / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / calcium ion transmembrane transport / protein kinase C binding / host cell cytoplasmic vesicle membrane / wound healing / response to virus / bone development / cytoplasmic vesicle membrane / cell morphogenesis / cell-cell adhesion / VEGFA-VEGFR2 Pathway / ruffle membrane / viral capsid / integrin binding / cell migration / cell junction / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / regulation of translation / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protease binding / angiogenesis / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å | ||||||||||||
![]() | Kotecha, A. / Stuart, D. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rules of engagement between αvβ6 integrin and foot-and-mouth disease virus. 著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T ...著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T Huiskonen / David I Stuart / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, GH loop of capsid protein VP1. Infection can also occur in tissue culture adapted virus in the absence of integrin via acquired basic mutations interacting with heparin sulphate (HS); this virus is attenuated in natural infections. HS interaction has been visualized at a conserved site in two serotypes suggesting a propensity for sulfated-sugar binding. Here we determined the interaction between αvβ6 and two tissue culture adapted FMDV strains by cryo-electron microscopy. In the preferred mode of engagement, the fully open form of the integrin, hitherto unseen at high resolution, attaches to an extended GH loop via interactions with the RGD motif plus downstream hydrophobic residues. In addition, an N-linked sugar of the integrin attaches to the previously identified HS binding site, suggesting a functional role. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 353.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 283.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3632MC ![]() 3630C ![]() 3631C ![]() 3633C ![]() 3634C ![]() 3635C ![]() 5ne4C ![]() 5nedC ![]() 5nejC ![]() 5nerC ![]() 5netC ![]() 5neuC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
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要素
-タンパク質 , 6種, 6分子 1234AB
#1: タンパク質 | 分子量: 23241.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 細胞株 (発現宿主): BHK 21 / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23914.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 23938.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 7522.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 64937.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 51534.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-糖 , 6種, 11分子 ![](data/chem/img/MAN.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#7: 多糖 | #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose / 2alpha-alpha-mannobiose | #9: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #10: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #11: 糖 | #12: 糖 | |
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-非ポリマー , 1種, 4分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
#13: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 9 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Bos taurus | ||||||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 名称: Foot and Mouth Disease virus / 直径: 300 nm / 三角数 (T数): 3 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 | 濃度: 50 mM / 名称: HEPES | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 294 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 160000 X / 倍率(補正後): 37037 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER 最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 18 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 360 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 2-20 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2283: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 10.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13483 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 120 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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