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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ldf | |||||||||
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タイトル | Maltose binding protein genetically fused to dodecameric glutamine synthetase | |||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Fusion protein (融合タンパク質) / chimera / dodecamer / symmetrized construct | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルタミンシンテターゼ / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / ATP binding ...グルタミンシンテターゼ / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella typhi (サルモネラ菌) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Coscia, F. / Petosa, C. / Schoehn, G. | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: Fusion to a homo-oligomeric scaffold allows cryo-EM analysis of a small protein. 著者: Francesca Coscia / Leandro F Estrozi / Fabienne Hans / Hélène Malet / Marjolaine Noirclerc-Savoye / Guy Schoehn / Carlo Petosa / 要旨: Recent technical advances have revolutionized the field of cryo-electron microscopy (cryo-EM). However, most monomeric proteins remain too small (<100 kDa) for cryo-EM analysis. To overcome this limitation, we explored a strategy whereby a monomeric target protein is genetically fused to a homo-oligomeric scaffold protein and the junction optimized to allow the target to adopt the scaffold symmetry, thereby generating a chimeric particle suitable for cryo-EM. To demonstrate the concept, we fused maltose-binding protein (MBP), a 40 kDa monomer, to glutamine synthetase, a dodecamer formed by two hexameric rings. Chimeric constructs with different junction lengths were screened by biophysical analysis and negative-stain EM. The optimal construct yielded a cryo-EM reconstruction that revealed the MBP structure at sub-nanometre resolution. These findings illustrate the feasibility of using homo-oligomeric scaffolds to enable cryo-EM analysis of monomeric proteins, paving the way for applying this strategy to challenging structures resistant to crystallographic and NMR analysis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ldf.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ldf.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ldf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/5ldf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/5ldf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51586.266 Da / 分子数: 12 / 変異: Deletion of residues 1-2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌) 遺伝子: glnA, STY3874, t3614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A1P7, グルタミンシンテターゼ #2: タンパク質 | 分子量: 40753.152 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: malE, Z5632, ECs5017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEY0 #3: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Maltose-binding protein genetically fused to glutamine synthetase タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.11 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pETM-11 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 290 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 詳細: Polara Top entry |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 165 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 39167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D6 (2回x6回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13847 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |