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万見
- PDB-5gap: Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gap
タイトルBody region of the U4/U6.U5 tri-snRNP
要素
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 2
  • (U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
  • Pre-mRNA-processing factor 31
  • Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
  • Spliceosomal protein DIB1
  • U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
  • unknown protein
キーワードTRANSCRIPTION / snRNP / spliceosome / RNA-protein complex / U4/U6.U5 snRNP
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / snoRNA splicing / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of RNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNA binding ...spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / snoRNA splicing / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of RNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4 snRNP / U3 snoRNA binding / positive regulation of miRNA metabolic process / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / nucleic acid binding / cytosolic large ribosomal subunit / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain ...Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Dim1 family / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / NOSIC / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Sec63 Brl domain / Ribosomal protein L30/S12 / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Tetratricopeptide repeats / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / C2 domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Helicase conserved C-terminal domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thioredoxin-like superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pre-mRNA-splicing factor 6 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pre-mRNA-splicing factor 6 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Pre-mRNA-processing factor 31 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Spliceosomal protein DIB1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Nguyen, T.H.D. / Galej, W.P. / Oubridge, C. / Bai, X.C. / Newman, A. / Scheres, S. / Nagai, K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution.
著者: Thi Hoang Duong Nguyen / Wojciech P Galej / Xiao-Chen Bai / Chris Oubridge / Andrew J Newman / Sjors H W Scheres / Kiyoshi Nagai /
要旨: U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led ...U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led to an essentially complete atomic model comprising 30 proteins plus U4/U6 and U5 small nuclear RNAs (snRNAs). The structure reveals striking interweaving interactions of the protein and RNA components, including extended polypeptides penetrating into subunit interfaces. The invariant ACAGAGA sequence of U6 snRNA, which base-pairs with the 5'-splice site during catalytic activation, forms a hairpin stabilized by Dib1 and Prp8 while the adjacent nucleotides interact with the exon binding loop 1 of U5 snRNA. Snu114 harbours GTP, but its putative catalytic histidine is held away from the γ-phosphate by hydrogen bonding to a tyrosine in the amino-terminal domain of Prp8. Mutation of this histidine to alanine has no detectable effect on yeast growth. The structure provides important new insights into the spliceosome activation process leading to the formation of the catalytic centre.
履歴
登録2015年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_imaging_optics / em_software ...em_imaging_optics / em_software / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年10月2日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
V: U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67
W: U6 snRNA
U: U5 snRNA
x: unknown protein
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
H: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4
J: Pre-mRNA-splicing factor 6
D: Spliceosomal protein DIB1
F: Pre-mRNA-processing factor 31
G: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
K: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
B: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)959,00512
ポリマ－959,00512
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60560 Å2
ΔGint-428 kcal/mol
Surface area169960 Å2
手法PISA

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 VWU

#1: RNA鎖 U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67


分子量: 21528.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U4 snRNA 5' region, nucleotides 1-67. / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 807071957
#2: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 807071964
#3: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 807071959

-
タンパク質 , 5種, 5分子 xDFKB

#4: タンパク質 unknown protein


分子量: 6996.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Clear helical regions were built as poly(Ala) but could not be assigned to a specific protein.
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#8: タンパク質 Spliceosomal protein DIB1 / Dib1


分子量: 16798.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06819
#9: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 31 / Prp31


分子量: 56382.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49704
#11: タンパク質 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein 1 / Snu13


分子量: 13582.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39990
#12: タンパク質 Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246


分子量: 246470.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32639, RNA helicase

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 2種, 2分子 AJ

#5: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8 / Prp8


分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33334
#7: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 6 / Prp6


分子量: 104370.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P19735

-
U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 HG

#6: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-processing protein 4 / Prp4


分子量: 52506.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20053
#10: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / Prp3


分子量: 55974.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03338

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分濃度: 1 mM / 名称: DTT
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 3.5 microlitre of sample was applied to grid.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 35714 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 16 sec. / 電子線照射量: 38 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 2477
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0124 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION1.4粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.2モデルフィッティング
9REFMAC5.8モデル精密化316
13RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 473827
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 140155 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 3.6→180.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / SU B: 24.876 / SU ML: 0.368 / ESU R: 0.688
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.27766 --
obs0.27766 192905 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 316.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å22.6 Å2-0.83 Å2
2--3.27 Å2-0.36 Å2
3----2.73 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 31573
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.01932617
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0020.0229370
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.3611.88444645
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.982367630
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg11.1885.5053966
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg35.06524.1541324
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg16.644155219
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg12.0115193
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.2160.2055069
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.0234318
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.027415
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it15.6230.82914323
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other15.62130.82814322
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it24.07246.27817874
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other24.07146.27917875
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it17.42232.70418294
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other17.42232.70518295
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other29.08248.3326772
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined36.26566311
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other36.26466312
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork1.415 14158 -
Rfree-0 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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