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- PDB-5ahv: Cryo-EM structure of helical ANTH and ENTH tubules on PI(4,5)P2-c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ahv
タイトルCryo-EM structure of helical ANTH and ENTH tubules on PI(4,5)P2-containing membranes
要素
  • ANTH DOMAIN OF ENDOCYTIC ADAPTOR SLA2
  • ENTH DOMAIN OF EPSIN ENT1
キーワードCLATHRIN-BINDING PROTEIN / CLATHRIN BINDING PROTEIN / EPSIN / HIP1R / ENTH / CLATHRIN ADAPTORS / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch assembly / clathrin vesicle coat / clathrin light chain binding / incipient cellular bud site / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cellular bud tip / actin cortical patch / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity ...Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch assembly / clathrin vesicle coat / clathrin light chain binding / incipient cellular bud site / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cellular bud tip / actin cortical patch / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity / cellular bud neck / mating projection tip / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / clathrin-coated vesicle / clathrin binding / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / cortical actin cytoskeleton / ubiquitin binding / actin filament organization / phospholipid binding / endocytosis / actin filament binding / early endosome / endosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sla2 family / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / ANTH domain / ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain ...Sla2 family / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / ANTH domain / ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / ENTH/VHS / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein SLA2 / Epsin-1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.6 Å
データ登録者Skruzny, M. / Desfosses, A. / Prinz, S. / Dodonova, S.O. / Gieras, A. / Uetrecht, C. / Jakobi, A.J. / Abella, M. / Hagen, W.J.H. / Schulz, J. ...Skruzny, M. / Desfosses, A. / Prinz, S. / Dodonova, S.O. / Gieras, A. / Uetrecht, C. / Jakobi, A.J. / Abella, M. / Hagen, W.J.H. / Schulz, J. / Meijers, R. / Rybin, V. / Briggs, J.A.G. / Sachse, C. / Kaksonen, M.
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2015
タイトル: An organized co-assembly of clathrin adaptors is essential for endocytosis.
著者: Michal Skruzny / Ambroise Desfosses / Simone Prinz / Svetlana O Dodonova / Anna Gieras / Charlotte Uetrecht / Arjen J Jakobi / Marc Abella / Wim J H Hagen / Joachim Schulz / Rob Meijers / ...著者: Michal Skruzny / Ambroise Desfosses / Simone Prinz / Svetlana O Dodonova / Anna Gieras / Charlotte Uetrecht / Arjen J Jakobi / Marc Abella / Wim J H Hagen / Joachim Schulz / Rob Meijers / Vladimir Rybin / John A G Briggs / Carsten Sachse / Marko Kaksonen /
要旨: Clathrin-mediated endocytosis, the main trafficking route from the plasma membrane to the cytoplasm, is critical to many fundamental cellular processes. Clathrin, coupled to the membrane by adaptor ...Clathrin-mediated endocytosis, the main trafficking route from the plasma membrane to the cytoplasm, is critical to many fundamental cellular processes. Clathrin, coupled to the membrane by adaptor proteins, is thought to play a major structural role in endocytosis by self-assembling into a cage-like lattice around the forming vesicle. Although clathrin adaptors are essential for endocytosis, little is known about their structural role in this process. Here we show that the membrane-binding domains of two conserved clathrin adaptors, Sla2 and Ent1, co-assemble in a PI(4,5)P2-dependent manner to form organized lattices on membranes. We determined the structure of the co-assembled lattice by electron cryo-microscopy and designed mutations that specifically impair the lattice formation in vitro. We show that these mutations block endocytosis in vivo. We suggest that clathrin adaptors not only link the polymerized clathrin to the membrane but also form an oligomeric structure, which is essential for membrane remodeling during endocytosis.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 2.02017年8月9日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z
改定 2.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年3月8日Group: Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 2.32024年7月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2896
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2896
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: ENTH DOMAIN OF EPSIN ENT1
F: ANTH DOMAIN OF ENDOCYTIC ADAPTOR SLA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7062
ポリマ－48,7062
非ポリマー00
水00
1
E: ENTH DOMAIN OF EPSIN ENT1
F: ANTH DOMAIN OF ENDOCYTIC ADAPTOR SLA2
x 78


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,799,102156
ポリマ－3,799,102156
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation77

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要素

#1: タンパク質 ENTH DOMAIN OF EPSIN ENT1


分子量: 18005.471 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 5-272 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PETM30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12518
#2: タンパク質 ANTH DOMAIN OF ENDOCYTIC ADAPTOR SLA2 / TRANSMEMBRANE PROTEIN MOP2 / ANTH DOMAIN OF ENDOCYTIC ADAPTOR SLA2


分子量: 30700.961 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-154 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PETM30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P33338

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ANTH AND ENTH DOMAINS OF THE CLATHRIN ADAPTORS SLA2 AND ENT1, RESPECTIVELY
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
緩衝液名称: 20 MM HEPES, PH 7.5, 100 MM KCL / pH: 7.5 / 詳細: 20 MM HEPES, PH 7.5, 100 MM KCL
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 80, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- , APPLIED ON C-FLAT HOLEY CARBON COATED GRIDS (PROTOCHIPS) AND VITRIFIED,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年3月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 10 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1419

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1DireXモデルフィッティング
2I-TASSERモデルフィッティング
3UCSF Chimeraモデルフィッティング
4SPRING３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
3次元再構成解像度: 13.6 Å / 粒子像の数: 457344 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.78 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.78 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2896. (DEPOSITION ID: 13053).
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: METHOD--FLEXIBLE REFINEMENT PROTOCOL--HOMOLOGY MODEL
原子モデル構築PDB-ID: 1H0A

1h0a


Accession code: 1H0A / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 13.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 13.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3422 0 0 0 3422

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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