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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5abb | ||||||
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タイトル | Visualization of a polytopic membrane protein during SecY-mediated membrane insertion | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION / RIBOSOME / MEMBRANE PROTEIN / TRANSLOCON | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 light-activated monoatomic ion channel activity / protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / photoreceptor activity / phototransduction ...light-activated monoatomic ion channel activity / protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / photoreceptor activity / phototransduction / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / proton transmembrane transport / intracellular protein transport / membrane => GO:0016020 / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å | ||||||
データ登録者 | Bischoff, L. / Wickles, S. / Berninghausen, O. / vanderSluis, E. / Beckmann, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014 タイトル: Visualization of a polytopic membrane protein during SecY-mediated membrane insertion. 著者: Lukas Bischoff / Stephan Wickles / Otto Berninghausen / Eli O van der Sluis / Roland Beckmann / 要旨: The biogenesis of polytopic membrane proteins occurs co-translationally on ribosomes that are tightly bound to a membrane-embedded protein-conducting channel: the Sec-complex. The path that is ...The biogenesis of polytopic membrane proteins occurs co-translationally on ribosomes that are tightly bound to a membrane-embedded protein-conducting channel: the Sec-complex. The path that is followed by nascent proteins inside the ribosome and the Sec-complex is relatively well established; however, it is not clear what the fate of the N-terminal transmembrane domains (TMDs) of polytopic membrane proteins is when the C-terminal TMDs domains are not yet synthesized. Here, we present the sub-nanometer cryo-electron microscopy structure of an in vivo generated ribosome-SecY complex that carries a membrane insertion intermediate of proteorhodopsin (PR). The structure reveals a pre-opened Sec-complex and the first two TMDs of PR already outside the SecY complex directly in front of its proposed lateral gate. Thus, our structure is in agreement with positioning of N-terminal TMDs at the periphery of SecY, and in addition, it provides clues for the molecular mechanism underlying membrane protein topogenesis. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5abb.cif.gz | 90.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5abb.ent.gz | 54.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5abb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5abb_validation.pdf.gz | 805.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5abb_full_validation.pdf.gz | 810.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5abb_validation.xml.gz | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5abb_validation.cif.gz | 32.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5abb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/5abb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48553.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCR5, UniProt: P0AGA2*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 12623.296 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 12-127 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIW7 |
#3: タンパク質 | 分子量: 7634.684 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 19-83 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F7P4 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TnaC stalled E.coli ribosome in complex with SecYE / タイプ: RIBOSOME |
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緩衝液 | 名称: 20 MM TRIS 150 MM NH4CL 10 MM MGCL2 0.05%DDM 125 MM SUCROSE pH: 7.5 詳細: 20 MM TRIS 150 MM NH4CL 10 MM MGCL2 0.05%DDM 125 MM SUCROSE |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年5月21日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 148721 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: REAL / 解像度: 8 Å / 粒子像の数: 47471 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 8 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 8 Å
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