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- PDB-5zz4: Crystal structure of bruton's tyrosine kinase in complex with inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zz4
タイトルCrystal structure of bruton's tyrosine kinase in complex with inhibitor 2e
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / inhibitor complex / non-covalent / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell ...regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / cellular response to interleukin-7 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of immunoglobulin production / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / B cell activation / negative regulation of B cell proliferation / Fc-epsilon receptor signaling pathway / mesoderm development / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phospholipase binding / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phagocytosis / cell maturation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / calcium-mediated signaling / apoptotic signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / G beta:gamma signalling through BTK / cellular response to reactive oxygen species / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / G alpha (12/13) signalling events / DAP12 signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / cytoplasmic vesicle / G alpha (q) signalling events / protein tyrosine kinase activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / response to lipopolysaccharide / intracellular signal transduction / membrane raft / protein phosphorylation / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9M3 / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kawahata, W. / Asami, T. / Irie, T. / Kiyoi, T. / Taniguchi, H. / Asamitsu, Y. / Inoue, T. / Miyake, T. / Sawa, M.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Design and Synthesis of Novel Amino-triazine Analogues as Selective Bruton's Tyrosine Kinase Inhibitors for Treatment of Rheumatoid Arthritis.
著者: Kawahata, W. / Asami, T. / Kiyoi, T. / Irie, T. / Taniguchi, H. / Asamitsu, Y. / Inoue, T. / Miyake, T. / Sawa, M.
履歴
登録2018年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
B: Tyrosine-protein kinase BTK
C: Tyrosine-protein kinase BTK
D: Tyrosine-protein kinase BTK
E: Tyrosine-protein kinase BTK
F: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,46812
ポリマ－187,0746
非ポリマー3,3946
水00
1
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7452
ポリマ－31,1791
非ポリマー5661
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7452
ポリマ－31,1791
非ポリマー5661
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7452
ポリマ－31,1791
非ポリマー5661
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7452
ポリマ－31,1791
非ポリマー5661
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7452
ポリマ－31,1791
非ポリマー5661
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7452
ポリマ－31,1791
非ポリマー5661
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.265, 41.155, 587.937
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.010, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11F
21A
31B
41C
51D
61E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112F1 - 999
2112A1 - 999
3112B1 - 999
4112C1 - 999
5112D1 - 999
6112E1 - 999

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.498698, -0.866776, -3.1E-5), (-0.866775, 0.498698, 0.001139), (-0.000972, 0.000595, -0.999999)17.745001, 10.0726, 489.974487
3given(0.49929, 0.866434, 0.000958), (-0.866435, 0.499291, -0.000188), (-0.000642, -0.000736, 1)-18.01516, 10.3152, 98.023743
4given(0.501959, -0.864891, -0.000729), (-0.864891, -0.501959, 0.0009), (-0.001145, 0.000179, -0.999999)17.816521, 30.781349, 391.965393
5given(-0.500015, 0.866017, 0.000483), (-0.866016, -0.500015, 0.000691), (0.00084, -7.3E-5, 1)-17.896709, 30.770929, 196.014908
6given(0.999998, 0.002006, 0.000711), (0.002006, -0.999998, -1.4E-5), (0.000711, 1.6E-5, -1)-0.11186, 41.094662, 293.980255

-
要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase


分子量: 31178.926 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTK, AGMX1, ATK, BPK / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-9M3 / N-[3-(4-amino-6-{[4-(morpholine-4-carbonyl)phenyl]amino}-1,3,5-triazin-2-yl)-2-methylphenyl]-4-tert-butylbenzamide


分子量: 565.665 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H35N7O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M imidazole(pH7.0), 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% w/v PEG MME 2000, 4% Polypropylene glycol P 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 38992 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GEN

3gen


解像度: 2.9→48.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 23.697 / SU ML: 0.451 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.55
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3165 2042 5.2 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.2269 36897 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.54 Å2 / Biso mean: 48.881 Å2 / Biso min: 16.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→48.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12548 0 252 0 12800
Biso mean--53.3 --
残基数----1574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01913116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.961.97817738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.98451568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.35224.007584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.128152252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6261565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.21879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219921
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1F1011MEDIUM POSITIONAL0.580.5
2A1011MEDIUM POSITIONAL0.580.5
3B1011MEDIUM POSITIONAL0.660.5
4C1011MEDIUM POSITIONAL0.630.5
5D1011MEDIUM POSITIONAL0.610.5
6E1011MEDIUM POSITIONAL0.580.5
1F1044TIGHT THERMAL3.280.5
2A1044TIGHT THERMAL3.590.5
3B1044TIGHT THERMAL3.870.5
4C1044TIGHT THERMAL3.560.5
5D1044TIGHT THERMAL4.080.5
6E1044TIGHT THERMAL3.410.5
1F1011MEDIUM THERMAL4.522
2A1011MEDIUM THERMAL4.692
3B1011MEDIUM THERMAL52
4C1011MEDIUM THERMAL5.112
5D1011MEDIUM THERMAL4.512
6E1011MEDIUM THERMAL5.072
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 142 -
Rwork0.318 2736 -
all-2878 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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