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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zm3 | ||||||
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タイトル | Fe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase AndA with preandiloid B | ||||||
![]() | Dioxygenase andA | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Oxygenase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / terpenoid biosynthetic process / dioxygenase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakashima, Y. / Senda, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Computational Bases for Dramatic Skeletal Rearrangement in Anditomin Biosynthesis. 著者: Nakashima, Y. / Mitsuhashi, T. / Matsuda, Y. / Senda, M. / Sato, H. / Yamazaki, M. / Uchiyama, M. / Senda, T. / Abe, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 241.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 190.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33854.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A097ZPD5, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: A0A097ZPD5, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 化合物 | ChemComp-AKG / #4: 化合物 | ChemComp-9FR / ( #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% (w/v) PEG 3350, 200mM sodium tartrate, 20% DMF |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→47.35 Å / Num. obs: 65777 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.513 / Num. unique obs: 4400 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5YBM 解像度: 2.25→47.293 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.84
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.293 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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