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- PDB-5zjw: Crystal Structure of PAK4 in complex with inhibitor CZg353 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zjw
タイトルCrystal Structure of PAK4 in complex with inhibitor CZg353
要素Serine/threonine-protein kinase PAK 4
キーワードTRANSFERASE / ATP binding pocket
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle ...dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / RAC1 GTPase cycle / cytoskeleton organization / cellular response to starvation / adherens junction / regulation of cell growth / positive regulation of angiogenesis / cell migration / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Golgi apparatus / signal transduction / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9EO / BICARBONATE ION / Serine/threonine-protein kinase PAK 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.798 Å
データ登録者Zhao, F. / Li, H.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of PAK4 in complex with inhibitor CZg353
著者: Zhao, F. / Li, H.
履歴
登録2018年3月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PAK 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,22912
ポリマ－33,0981
非ポリマー1,13011
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area13390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)43.117, 63.399, 100.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / p21-activated kinase 4 / PAK-4


分子量: 33098.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK4, KIAA1142 / プラスミド: pSUMOH10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 5種, 294分子

#2: 化合物 ChemComp-9EO / (3Z)-N-[(1S)-2-hydroxy-1-phenylethyl]-3-[(1H-imidazol-2-yl)(phenyl)methylidene]-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indole-5-carboxamide


分子量: 450.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H22N4O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 % / Mosaicity: 0.316 ° / Mosaicity esd: 0.006 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-tris pH 6.5, 25% PEG 3350, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 26329 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 0.845 / Net I/σ(I): 3.4 / Num. measured all: 172803
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.836.70.79512720.7180.330.8620.49100
1.83-1.866.80.73813020.830.3040.7990.49299.8
1.86-1.96.70.61612660.830.2550.6680.516100
1.9-1.946.70.53513020.8740.2220.580.544100
1.94-1.986.70.44813070.9210.1870.4860.587100
1.98-2.036.40.40212860.9040.1710.4370.598100
2.03-2.086.20.33613000.9170.1470.3680.66999.8
2.08-2.136.80.31613060.9450.130.3420.71100
2.13-2.26.80.28313000.9440.1160.3060.753100
2.2-2.276.80.2513120.9540.1030.2710.79799.9
2.27-2.356.70.22512900.9560.0940.2440.869100
2.35-2.446.50.20913140.9590.0890.2270.903100
2.44-2.556.20.1913090.9660.0830.2070.95899.9
2.55-2.696.90.1713140.9740.070.1840.959100
2.69-2.866.70.15313140.9740.0640.1661.035100
2.86-3.086.60.13713500.9810.0570.1491.112100
3.08-3.396.20.1213150.9820.0520.1311.233100
3.39-3.886.70.10513450.9890.0440.1141.347100
3.88-4.886.20.09413730.990.0410.1021.42499.9
4.88-506.10.07814520.9910.0340.0860.90499.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.798→39.364 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2147 1279 4.87 %
Rwork0.1682 24980 -
obs0.1705 26259 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 61.96 Å2 / Biso mean: 23.9068 Å2 / Biso min: 10.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.798→39.364 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2320 0 78 283 2681
Biso mean--28.87 33.64 -
残基数----293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9293299
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2941490
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7984-1.87040.29361420.22822715285799
1.8704-1.95550.26791570.199826982855100
1.9555-2.05860.23051390.181127372876100
2.0586-2.18760.22541230.164427752898100
2.1876-2.35640.2451570.165827142871100
2.3564-2.59350.22231380.172327662904100
2.5935-2.96870.23531530.168427852938100
2.9687-3.73980.19261380.156428292967100
3.7398-39.37350.18181320.161829613093100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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