- PDB-5yyl: Structure of Major Royal Jelly Protein 1 Oligomer -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5yyl
タイトル
Structure of Major Royal Jelly Protein 1 Oligomer
要素
Apisimin
Major royal jelly protein 1
キーワード
SIGNALING PROTEIN / Complex / Royal jelly
機能・相同性
機能・相同性情報
caste determination, influence by environmental factors / defense response to fungus / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能
Major royal jelly protein/protein yellow / Major royal jelly protein / Six-bladed beta-propeller, TolB-like 類似検索 - ドメイン・相同性
(3beta,14beta,17alpha)-ergosta-5,24(28)-dien-3-ol / Major royal jelly protein 1 / Apisimin 類似検索 - 構成要素
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 37682 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 20.46
反射 シェル
解像度: 2.65→2.7 Å / Rsym value: 3.019
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0189
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
BUCCANEER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 14.932 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.823 / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.275
1605
5 %
RANDOM
Rwork
0.239
-
-
-
obs
0.241
30696
86.3 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK