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- PDB-5xpl: Crystal structure of VDR-LBD complexed with 22S-butyl-25-hydroxyp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xpl
タイトルCrystal structure of VDR-LBD complexed with 22S-butyl-25-hydroxyphenyl-2-methylidene-19,26,27-trinor-25-oxo-1-hydroxyvitamin D3
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Vitamin D3 receptor
キーワードTRANSCRIPTION / vitamin D3 / VDR / VDRE / RXR / co-factors / SRC2-3 / antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / response to bile acid / dense fibrillar component / positive regulation of parathyroid hormone secretion / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / cellular response to vitamin D ...negative regulation of bone trabecula formation / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / response to bile acid / dense fibrillar component / positive regulation of parathyroid hormone secretion / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / cellular response to vitamin D / vitamin D binding / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / vitamin D receptor signaling pathway / intestinal absorption / negative regulation of ossification / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / response to aldosterone / locomotor rhythm / mammary gland branching involved in pregnancy / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of calcium ion transport / decidualization / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / negative regulation of keratinocyte proliferation / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / heterochromatin / transcription regulator inhibitor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / intracellular receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / T-tubule / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / animal organ morphogenesis / nuclear receptor binding / skeletal system development / negative regulation of smoothened signaling pathway / apoptotic signaling pathway / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / euchromatin / PPARA activates gene expression / cell morphogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / caveola / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear matrix / intracellular calcium ion homeostasis / response to calcium ion / nuclear receptor activity / cellular response to amyloid-beta / calcium ion transport / : / response to estradiol / HATs acetylate histones / heart development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / transcription coactivator activity / receptor complex / protein dimerization activity / nuclear body / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin
類似検索 - 分子機能
Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8C9 / Vitamin D3 receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kato, A. / Itoh, T. / Yamamoto, K.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Vitamin D Analogues with a p-Hydroxyphenyl Group at the C25 Position: Crystal Structure of Vitamin D Receptor Ligand-Binding Domain Complexed with the Ligand Explains the Mechanism ...タイトル: Vitamin D Analogues with a p-Hydroxyphenyl Group at the C25 Position: Crystal Structure of Vitamin D Receptor Ligand-Binding Domain Complexed with the Ligand Explains the Mechanism Underlying Full Antagonistic Action
著者: Kato, A. / Yamao, M. / Hashihara, Y. / Ishida, H. / Itoh, T. / Yamamoto, K.
履歴
登録2017年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7243
ポリマ－32,1892
非ポリマー5351
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: We have reported cell based assay for the assembly of VDR and co-activator. Bioconjug. Chem. 2016, 27, 1750-1761.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.780, 44.910, 45.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-661-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 30595.037 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 116-423 / 変異: deletion mutant(residues 165-211) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vdr, Nr1i1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13053
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1593.844 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 740-752 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOA2, BHLHE75, SRC2, TIF2 / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-8C9 / (4~{S})-4-[(1~{R})-1-[(1~{R},3~{a}~{S},4~{E},7~{a}~{R})-7~{a}-methyl-4-[2-[(3~{R},5~{R})-4-methylidene-3,5-bis(oxidanyl )cyclohexylidene]ethylidene]-2,3,3~{a},5,6,7-hexahydro-1~{H}-inden-1-yl]ethyl]-1-(4-hydroxyphenyl)octan-1-one / 22S-butyl-25-hydroxyphenyl-2-methylidene-19,26,27-trinor-25-oxo-1-hydroxyvitamin D3


分子量: 534.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H50O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: MOPS-Na, Na-Formate, PEG 4000, Ethylenglycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→64.26 Å / Num. obs: 14660 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 11.3

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→64.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.31 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.206 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24173 748 5.1 %RANDOM
Rwork0.18607 ---
obs0.18883 13899 88.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.443 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å2-0.04 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→64.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1982 0 39 91 2112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0192104
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.9992850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88934748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1735251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.43324.30193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.92115381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8991512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4012.3871007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3942.3841006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6463.5431257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6453.5461258
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1382.791097
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1362.7891098
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7734.0321594
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.37819.4832382
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.36919.3182359
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 39 -
Rwork0.158 737 -
obs--65.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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