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万見
- PDB-5xgj: Crystal structure of PI3K complex with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xgj
タイトルCrystal structure of PI3K complex with an inhibitor
要素
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / PI3K / inhibitor / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


perinuclear endoplasmic reticulum membrane / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / response to muscle inactivity / phosphatidylinositol kinase activity / regulation of actin filament organization / positive regulation of focal adhesion disassembly / negative regulation of actin filament depolymerization / response to butyrate / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity ...perinuclear endoplasmic reticulum membrane / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / response to muscle inactivity / phosphatidylinositol kinase activity / regulation of actin filament organization / positive regulation of focal adhesion disassembly / negative regulation of actin filament depolymerization / response to butyrate / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / response to L-leucine / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / IRS-mediated signalling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / T follicular helper cell differentiation / interleukin-18-mediated signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex / PI3K events in ERBB4 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / autosome genomic imprinting / myeloid leukocyte migration / neurotrophin TRKA receptor binding / cellular response to hydrostatic pressure / Activated NTRK2 signals through PI3K / regulation of cellular respiration / cis-Golgi network / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / negative regulation of fibroblast apoptotic process / Activated NTRK3 signals through PI3K / ErbB-3 class receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / positive regulation of protein localization to membrane / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Co-stimulation by ICOS / RHOD GTPase cycle / vasculature development / cardiac muscle cell contraction / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / RHOF GTPase cycle / Nephrin family interactions / kinase activator activity / Signaling by LTK in cancer / anoikis / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / Signaling by LTK / positive regulation of leukocyte migration / MET activates PI3K/AKT signaling / relaxation of cardiac muscle / PI3K/AKT activation / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / negative regulation of stress fiber assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / RND3 GTPase cycle / positive regulation of filopodium assembly / vascular endothelial growth factor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase / growth hormone receptor signaling pathway / insulin binding / Signaling by ALK / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / RHOV GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / natural killer cell mediated cytotoxicity / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / PI-3K cascade:FGFR3 / GP1b-IX-V activation signalling / negative regulation of macroautophagy / response to dexamethasone / PI-3K cascade:FGFR2 / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / intracellular glucose homeostasis / negative regulation of osteoclast differentiation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RET signaling / negative regulation of anoikis / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K events in ERBB2 signaling / intercalated disc / PI3K Cascade / T cell differentiation / negative regulation of cell-matrix adhesion / RHOG GTPase cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / regulation of multicellular organism growth / RHOA GTPase cycle / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1490 / PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain ...Helix Hairpins - #1490 / PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Rho GTPase activation protein / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-84X / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Song, K. / Yang, X. / Zhao, Y. / Jian, Z.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PI3K complex with an inhibitor
著者: Song, K. / Yang, X. / Zhao, Y. / Jian, Z.
履歴
登録2017年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,1354
ポリマ－155,6362
非ポリマー4992
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area55140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.877, 136.368, 149.028
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform / PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit alpha / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit alpha / p110alpha / Phosphoinositide-3-kinase catalytic alpha polypeptide / Serine/threonine protein kinase PIK3CA


分子量: 122083.289 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 8-1055 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P42336, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-alpha


分子量: 33552.859 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 322-598 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P27986
#3: 化合物 ChemComp-84X / 3-(4-morpholin-4-ylfuro[3,2-d]pyrimidin-2-yl)-5-[(phenylmethyl)amino]phenol


分子量: 402.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22N4O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15M Lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 28%(W/V) PEG2000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→50 Å / Num. obs: 29684 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 10.64
反射 シェル解像度: 2.98→3.09 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 2879 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000data processing
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.97→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 26.419 / SU ML: 0.459 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.515
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27917 1400 4.7 %RANDOM
Rwork0.2311 ---
obs0.23341 28231 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 98.564 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.4 Å20 Å2
3---4.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.97→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10371 0 35 24 10430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01910627
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.961.96614329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.814323560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.17151251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.10124.363534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.047152012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7061574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.649.8575025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.649.8565024
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.90514.7776269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.90414.7786270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2599.985602
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2589.985599
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3114.8958055
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.72976.29111729
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.72976.29311730
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.973→3.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 105 -
Rwork0.344 1970 -
obs--93.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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