PDB-5x3r: Crystal structure of the SmcR complexed with QStatin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x3r

タイトル

Crystal structure of the SmcR complexed with QStatin

要素

LuxR family transcriptional regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Quorum sensing inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Jang, S.Y. / Hwang, J. / Kim, M.H.

引用

ジャーナル: MBio / 年: 2018
タイトル: QStatin, a Selective Inhibitor of Quorum Sensing inVibrioSpecies
著者: Kim, B.S. / Jang, S.Y. / Bang, Y.J. / Hwang, J. / Koo, Y. / Jang, K.K. / Lim, D. / Kim, M.H. / Choi, S.H.

履歴

登録	2017年2月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x3r.cif.gz	341.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x3r.ent.gz	280.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5x3r_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x3r_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5x3r_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	5x3r_validation.cif.gz	53.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/5x3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/5x3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kz9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kz9-2 6wah-2 6wag-2 6wag-1 6wai-2 6wae-2 6wah-1 6wai-1 5wm9-2 2w53-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LuxR family transcriptional regulator

B: LuxR family transcriptional regulator

C: LuxR family transcriptional regulator

D: LuxR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

97.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LuxR family transcriptional regulator

D: LuxR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LuxR family transcriptional regulator

C: LuxR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.669, 99.210, 129.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	LuxR family transcriptional regulator / SmcR / SmcR-like protein / VvpR 分子量: 23980.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: smcR, vvpR, JS86_16400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L8G8
#2: 化合物	ChemComp-7Y3 / 1-(5-bromanylthiophen-2-yl)sulfonylpyrazole 分子量: 293.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅BrN₂O₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2M Li2SO4, 7% PEG3000, 0.1 M imidazole, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100.15 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2013年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 59830 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.5 % / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 53.54
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / R_sym value: 0.514

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KZ9

3kz9

解像度: 2.1→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 10.4 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25794	3012	5 %	RANDOM
R_work	0.1872	-	-	-
obs	0.19077	56748	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.312 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.5 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	4.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6555	0	66	462	7083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.019	6756
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.525	1.95	9172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.523	5	801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.829	24.085	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.301	15	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.124	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.184	0.2	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	5152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.272	2.776	3216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.428	4.141	4013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.514	3.298	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.286	24.601	10913
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.097→2.152 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	237	-
R_work	0.239	3974	-
obs	-	-	96.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7573	-0.2927	-0.1341	0.3963	0.3752	0.4053	0.0335	-0.0051	-0.0263	0.0239	-0.0297	-0.0002	0.0814	-0.0214	-0.0039	0.1701	0.0383	0.0117	0.0174	-0.0122	0.1229	5.531	-13.612	7.444
2	0.8246	0.4482	-0.2696	0.2687	-0.2325	0.4762	-0.0347	0.0369	-0.1318	-0.0109	0.0002	-0.0827	0.0933	0.0306	0.0346	0.155	0.0122	0.0433	0.0175	0.0371	0.193	-24.083	-14.754	56.033
3	1.4502	0.3077	-0.0823	0.2726	-0.0656	0.0409	-0.0134	0.2159	0.0509	-0.0351	-0.0176	-0.0496	0.0351	-0.0422	0.031	0.1288	-0.0191	0.0131	0.1435	0.0037	0.0705	-37.711	0.324	42.744
4	1.6709	-0.2573	-0.1906	0.5859	0.1969	0.0876	-0.0025	-0.1495	0.048	0.0204	0.0043	0.0171	0.0177	0.0599	-0.0019	0.1238	0.0093	-0.0195	0.1776	0.0033	0.0279	18.915	1.535	21.469

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 205
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 205
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 202
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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