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万見
- PDB-5x30: Crystal structure of Pseudomonas putida methionine gamma-lyase C1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x30
タイトルCrystal structure of Pseudomonas putida methionine gamma-lyase C116H mutant with L-homocysteine intermediates.
要素(L-methionine gamma- ...) x 2
キーワードLYASE / Pyridoxal 5'-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


homocysteine desulfhydrase / homocysteine desulfhydrase activity / methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4LM / Chem-7XF / HYDROSULFURIC ACID / 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / L-methionine gamma-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Shiba, T. / Sato, D. / Harada, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Structural and mechanistic insights into homocysteine degradation by a mutant of methionine gamma-lyase based on substrate-assisted catalysis
著者: Sato, D. / Shiba, T. / Yunoto, S. / Furutani, K. / Fukumoto, M. / Kudou, D. / Tamura, T. / Inagaki, K. / Harada, S.
履歴
登録2017年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年3月6日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-methionine gamma-lyase
B: L-methionine gamma-lyase
C: L-methionine gamma-lyase
D: L-methionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,2929
ポリマ－171,2914
非ポリマー1,0015
水18,3931021
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19530 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area46780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.753, 152.971, 80.586
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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L-methionine gamma- ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 L-methionine gamma-lyase / MGL / Homocysteine desulfhydrase / L-methioninase


分子量: 42936.738 Da / 分子数: 2 / 変異: C116H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: mdeA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P13254, methionine gamma-lyase, homocysteine desulfhydrase
#2: タンパク質 L-methionine gamma-lyase / MGL / Homocysteine desulfhydrase / L-methioninase


分子量: 42708.621 Da / 分子数: 2 / 変異: C116H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: mdeA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P13254, methionine gamma-lyase, homocysteine desulfhydrase

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非ポリマー , 5種, 1026分子

#3: 化合物 ChemComp-HCS / 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / L-Homocysteine / ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 135.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2S
#4: 化合物 ChemComp-4LM / (2E)-2-{[(1E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}but-2-enoic acid


分子量: 330.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15N2O7P
#5: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#6: 化合物 ChemComp-7XF / (2~{S})-2-[[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylamino]-4-sulfanyl-butanoic acid


分子量: 366.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N2O7PS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1021 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Na-K phosphate buffer, 6-10% PEG 6000, 0.25M ammonium sulfate. 0.5mM PLP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月4日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 208507 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O7C

2o7c


解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.817 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19508 10413 5 %RANDOM
Rwork0.16967 ---
obs0.17093 196805 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å2-
2---0.1 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11900 0 62 1021 12983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01912243
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4171.96516626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95326712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.02751575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.3523.333519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.454151893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1491580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21863
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02114076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022859
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.692.8056318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.692.8056317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8194.1967887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8194.1977888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9683.1065925
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9623.1065925
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2274.5598740
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.05423.50314320
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.86223.14713824
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 756 -
Rwork0.251 14023 -
obs--97.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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