+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wag | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ADC-7 in complex with boronic acid transition state inhibitor S06017 | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / inhibitor / Beta-lactamase / BATSI / ADC-7 / ANTIMICROBIAL PROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Powers, R.A. / Wallar, B.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Analysis of Boronic Acids as Inhibitors of Acinetobacter-Derived Cephalosporinase-7, a Unique Class C beta-Lactamase. 著者: Bouza, A.A. / Swanson, H.C. / Smolen, K.A. / VanDine, A.L. / Taracila, M.A. / Romagnoli, C. / Caselli, E. / Prati, F. / Bonomo, R.A. / Powers, R.A. / Wallar, B.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 292.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 234.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40808.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-A0V / #3: 化合物 | ChemComp-SIN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: ADC-7 (3mg/mL) in 25% w/v polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1 M succinate/ phosphate/ glycine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07821 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.931→81.397 Å / Num. obs: 99952 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.931→1.938 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.632 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 952 / CC1/2: 0.709 / % possible all: 95.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4U0T 解像度: 1.931→81.397 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.567 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.98 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.931→81.397 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|