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- PDB-5w80: Toxoplasma Gondii CDPK1 in complex with inhibitor GXJ-237 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w80
タイトルToxoplasma Gondii CDPK1 in complex with inhibitor GXJ-237
要素Calmodulin-domain protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / CDPK / PARASITOLOGY / ATP-BINDING / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9XJ / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者El Bakkouri, M. / Lovato, D. / Loppnau, P. / Lin, Y.H. / Rutaganaria, F. / Lopez, M.S. / Shokat, L. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...El Bakkouri, M. / Lovato, D. / Loppnau, P. / Lin, Y.H. / Rutaganaria, F. / Lopez, M.S. / Shokat, L. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Sibley, D. / Walker, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Toxoplasma Gondii CDPK1 in complex with inhibitor GXJ-237
著者: El Bakkouri, M. / Lovato, D. / Loppnau, P. / Lin, Y.H. / Rutaganaria, F. / Lopez, M.S. / Shokat, L. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Sibley, D. / Hui, R. / Walker, J.R. / ...著者: El Bakkouri, M. / Lovato, D. / Loppnau, P. / Lin, Y.H. / Rutaganaria, F. / Lopez, M.S. / Shokat, L. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Sibley, D. / Hui, R. / Walker, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2017年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6263
ポリマ－55,2271
非ポリマー3992
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.969, 72.815, 65.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-domain protein kinase 1


分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: CDPK1 / プラスミド: PET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9BJF5
#2: 化合物 ChemComp-9XJ / 3-(3-chlorophenoxy)-1-[(piperidin-4-yl)methyl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 358.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19ClN6O
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.83 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG8K, 0.2M NaCl, 0.1M Hepes pH7.5, 10 % Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月28日 / 詳細: MARMOSAIC CCD300
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.33 Å / Num. obs: 30132 / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2-2.050.460.9120.2590.5394.1
8.93-48.330.0390.9960.0230.04599.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
Aimless0.5.12データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4IH8

4ih8


解像度: 2→48.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.931 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.193 / SU Rfree Blow DPI: 0.169 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.169
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1485 4.93 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.188 30132 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.6048 Å20 Å23.5782 Å2
2---2.8542 Å20 Å2
3----5.7505 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→48.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3508 0 26 244 3778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097205HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.813012HARMONIC2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1618SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes97HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1117HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7205HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion489SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7967SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 161 5.5 %
Rwork0.19 2764 -
all0.193 2925 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4494-1.52921.36043.5854-1.28982.3486-0.1851-0.14920.01990.5373-0.0008-0.1314-0.33640.13830.1860.0103-0.0076-0.0081-0.0796-0.01390.0215-13.8193-15.5747104.5215
20.9073-0.23520.56851.5892-0.92641.36590.07450.1641-0.0647-0.1167-0.187-0.07780.18810.1610.1126-0.08860.02520.0186-0.019-0.0110.0229-15.6506-13.883385.7234
31.03310.00270.56021.53430.33791.13150.04340.2858-0.0518-0.0189-0.0142-0.14110.11990.182-0.0291-0.11220.04320.0336-0.03910.0159-0.078-8.9655-7.617783.4065
42.0688-1.38040.81474.8252-1.66022.62850.02630.0975-0.10970.21460.0105-0.11570.11270.0766-0.03690.065-0.0154-0.1419-0.08440.00160.05863.1525-5.3689113.2093
55.2709-0.5456-1.84611.06240.89143.36880.14450.11140.49640.06170.0978-0.0605-0.2014-0.0828-0.2423-0.11040.03280.0084-0.06720.04930.06625.95235.999885.3394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|43 - 99 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|100 - 262 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|263 - 380 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|381 - 438 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|439 - 507 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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