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- PDB-5w5t: Agrobacterium tumefaciens ADP-Glucose Pyrophosphorylase bound to ... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w5t

タイトル

Agrobacterium tumefaciens ADP-Glucose Pyrophosphorylase bound to activator ethyl pyruvate

要素

Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glucose-1-phosphate adenylyltransferase / glycogen biosynthesis / starch biosynthesis / allosterism

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose-1-phosphate adenylyltransferase / glucose-1-phosphate adenylyltransferase activity / glycogen biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium radiobacter (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Mascarenhas, R.N. / Hill, B.L. / Ballicora, M.A. / Liu, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural analysis reveals a pyruvate-binding activator site in theAgrobacterium tumefaciensADP-glucose pyrophosphorylase.
著者: Hill, B.L. / Mascarenhas, R. / Patel, H.P. / Asencion Diez, M.D. / Wu, R. / Iglesias, A.A. / Liu, D. / Ballicora, M.A.

履歴

登録	2017年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2021年3月31日	Group: Atomic model / Data collection / Refinement description カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls_group / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell Item: _atom_site.Cartn_x / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id ..._atom_site.Cartn_x / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used
改定 2.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5w5t_validation.pdf.gz	673.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w5t_full_validation.pdf.gz	849 KB	表示
XML形式データ	5w5t_validation.xml.gz	422.8 KB	表示
CIF形式データ	5w5t_validation.cif.gz	629 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w5t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5w5rC 5w6jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6v9a-2 5w6j-4 5w6j-1 5w5r-1 6v96-3 6v96-5 5w6j-5 6v9a-4 6v99-3 6v96-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

B: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

C: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

D: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

E: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

F: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

G: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

H: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

I: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

J: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

K: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

L: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

M: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

N: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

O: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

P: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

Q: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

R: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

Z: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

T: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

ヘテロ分子

942 kDa, 20 ポリマー
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A: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

B: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

C: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

D: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
189 kDa, 4 ポリマー
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Q: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

R: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

ヘテロ分子

E: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

F: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
189 kDa, 4 ポリマー
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O: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

P: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

ヘテロ分子

G: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

H: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
188 kDa, 4 ポリマー
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I: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

J: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

M: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

N: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
189 kDa, 4 ポリマー
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K: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

L: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

Z: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

T: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
188 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.781, 140.145, 228.855
Angle α, β, γ (deg.)	107.81, 101.84, 90.06
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
要素

#1: タンパク質	Glucose-1-phosphate adenylyltransferase / ADP-glucose pyrophosphorylase / ADPGlc PPase / ADP-glucose synthase 分子量: 46467.398 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア) 遺伝子: glgC / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) 参照: UniProt: P39669, glucose-1-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-9X7 / ethyl 2-oxopropanoate / ピルビン酸エチル分子量: 116.115 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.12 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50mM HEPES pH7.5, 1.5M LiSO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.5

反射

解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 1035315 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 0.926 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 2210333

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.76-1.79	1.9	0.618	48723	0.736	0.556	0.833	0.899	91.5
1.79-1.82	1.9	0.509	50796	0.795	0.458	0.686	0.9	95.3
1.82-1.86	2.1	0.44	51254	0.831	0.394	0.593	0.912	96
1.86-1.9	2.2	0.355	51358	0.881	0.318	0.478	0.93	96.4
1.9-1.94	2.2	0.28	51643	0.917	0.25	0.377	0.943	96.6
1.94-1.98	2.2	0.232	51566	0.94	0.208	0.313	0.964	96.7
1.98-2.03	2.2	0.182	51651	0.962	0.164	0.246	0.969	96.9
2.03-2.09	2.2	0.149	51694	0.974	0.134	0.201	0.984	97
2.09-2.15	2.2	0.128	51747	0.981	0.115	0.172	0.974	97.2
2.15-2.22	2.2	0.105	52075	0.987	0.094	0.141	0.981	97.3
2.22-2.3	2.2	0.087	51824	0.99	0.078	0.118	0.964	97.4
2.3-2.39	2.2	0.074	52021	0.993	0.067	0.1	0.956	97.6
2.39-2.5	2.2	0.065	52175	0.994	0.059	0.088	0.936	97.8
2.5-2.63	2.2	0.054	52284	0.995	0.049	0.074	0.92	98
2.63-2.79	2.2	0.046	52345	0.997	0.042	0.062	0.906	98.2
2.79-3.01	2.2	0.037	52518	0.997	0.034	0.05	0.898	98.4
3.01-3.31	2.2	0.034	52510	0.996	0.031	0.046	0.955	98.5
3.31-3.79	2.1	0.031	52548	0.996	0.029	0.042	1.052	98.6
3.79-4.78	2.1	0.026	52620	0.997	0.024	0.035	0.867	98.7
4.78-50	2.1	0.023	51963	0.998	0.021	0.031	0.594	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→41.26 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.89 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	50673	5.2 %
R_work	0.163	-	-
obs	0.166	974344	91.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→41.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	64362	0	731	11257	76350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	66593
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.106	90425
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.604	24222
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	9789
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	11798

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7629-1.7933	0.2896	956	0.2617	20078	X-RAY DIFFRACTION	38
1.7933-1.8259	0.2814	1439	0.2472	27952	X-RAY DIFFRACTION	52
1.8259-1.861	0.2529	2035	0.2355	39001	X-RAY DIFFRACTION	73
1.861-1.899	0.2562	2393	0.2223	46186	X-RAY DIFFRACTION	87
1.899-1.9403	0.2557	2510	0.2081	48749	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9403-1.9854	0.2375	2682	0.2014	48843	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9854-2.035	0.2368	2506	0.1939	49368	X-RAY DIFFRACTION	92
2.035-2.09	0.2185	2673	0.1894	49092	X-RAY DIFFRACTION	92
2.09-2.1515	0.2251	2527	0.1874	49322	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1515-2.221	0.2215	2632	0.1836	49540	X-RAY DIFFRACTION	92
2.221-2.3003	0.2167	2519	0.1754	49465	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3003-2.3924	0.2286	2634	0.1727	49493	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3924-2.5013	0.2173	2653	0.1735	49638	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5013-2.6331	0.2159	2727	0.1692	49657	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6331-2.798	0.2083	2805	0.1645	49704	X-RAY DIFFRACTION	93
2.798-3.0139	0.2032	2650	0.1528	49965	X-RAY DIFFRACTION	93
3.0139-3.317	0.2001	2528	0.1456	50057	X-RAY DIFFRACTION	94
3.317-3.7965	0.1735	2371	0.1247	50308	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7965-4.7813	0.1547	2524	0.1094	50113	X-RAY DIFFRACTION	94
4.7813-35.1691	0.2102	2513	0.1837	49508	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0131	-0.0103	0.0018	0.0198	0.0015	0.0058	0.053	0.008	-0.022	-0.0588	0.0226	0.023	-0.015	-0.0106	0.0308	0.1526	0.029	-0.0136	0.0831	0.0216	0.0446	-43.4698	-28.4975	58.6602
2	0.0027	-0.0029	-0.0003	0.011	-0.0044	0.0061	0.0434	0.0072	-0.0246	-0.0592	0.04	0.0488	0.0304	-0.0162	0.0221	0.1451	0.0303	-0.026	0.091	0.0158	0.0766	-46.3526	-36.9892	59.5297
3	0.014	-0.0053	0.0083	0.0027	-0.0033	0.0037	0.0006	0.0072	-0.0033	-0.0089	-0.0039	0.0153	-0.0029	-0.0106	-0.0117	0.199	0.0954	-0.1462	0.2019	0.1249	0.2338	-65.3987	-22.4621	51.9597
4	0.0029	0.001	0.0021	-0.0002	0.0017	0.0005	0.005	0.0329	-0.0072	-0.0186	0.0257	0.0241	0.0132	-0.0123	0.0062	0.1741	0.0157	-0.1394	0.1859	0.0441	0.1629	-59.5309	-36.9826	49.8996
5	0.0029	-0.0008	-0.005	0.0048	0.0043	0.0145	0.0097	-0.0049	0.0097	-0.0285	0.0172	0.0257	-0.0156	0.0047	0.0031	0.1206	0.0361	0.0314	0.0889	0.0294	0.0997	-46.8203	-15.6228	66.4138
6	0.0461	0.0276	-0.0062	0.0135	-0.01	0.01	-0.0071	0.0654	0.0507	-0.0637	0.0123	-0.0177	-0.0184	0.0231	-0.0189	0.1297	-0.0281	0.2041	0.032	0.0813	0.0432	-28.6786	-4.6753	60.1127
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精密化 TLSグループ

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4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 210 THROUGH 256 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 257 THROUGH 305 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 306 THROUGH 419 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 7 THROUGH 91 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 92 THROUGH 125 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 126 THROUGH 209 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 210 THROUGH 256 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 257 THROUGH 332 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 333 THROUGH 393 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'C' AND (RESID 7 THROUGH 96 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESID 97 THROUGH 125 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'C' AND (RESID 126 THROUGH 172 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'C' AND (RESID 173 THROUGH 226 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'C' AND (RESID 227 THROUGH 256 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'C' AND (RESID 257 THROUGH 305 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'C' AND (RESID 306 THROUGH 393 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'C' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'D' AND (RESID 7 THROUGH 71 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'D' AND (RESID 72 THROUGH 110 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'D' AND (RESID 111 THROUGH 172 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN 'D' AND (RESID 173 THROUGH 201 )
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28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN 'D' AND (RESID 256 THROUGH 298 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN 'D' AND (RESID 299 THROUGH 340 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN 'D' AND (RESID 341 THROUGH 393 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN 'D' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
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33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN 'E' AND (RESID 98 THROUGH 125 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN 'E' AND (RESID 126 THROUGH 226 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN 'E' AND (RESID 227 THROUGH 305 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN 'E' AND (RESID 306 THROUGH 393 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN 'E' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
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43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN 'F' AND (RESID 257 THROUGH 305 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN 'F' AND (RESID 306 THROUGH 393 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN 'F' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
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47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN 'G' AND (RESID 82 THROUGH 125 )
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50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN 'G' AND (RESID 202 THROUGH 226 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN 'G' AND (RESID 227 THROUGH 256 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	CHAIN 'G' AND (RESID 257 THROUGH 305 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN 'G' AND (RESID 306 THROUGH 393 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN 'G' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN 'H' AND (RESID 7 THROUGH 81 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	CHAIN 'H' AND (RESID 82 THROUGH 125 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	CHAIN 'H' AND (RESID 126 THROUGH 209 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	CHAIN 'H' AND (RESID 210 THROUGH 237 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	CHAIN 'H' AND (RESID 238 THROUGH 273 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	CHAIN 'H' AND (RESID 274 THROUGH 298 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	CHAIN 'H' AND (RESID 299 THROUGH 393 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	CHAIN 'H' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
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64	X-RAY DIFFRACTION	64	CHAIN 'I' AND (RESID 97 THROUGH 142 )
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66	X-RAY DIFFRACTION	66	CHAIN 'I' AND (RESID 210 THROUGH 256 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	CHAIN 'I' AND (RESID 257 THROUGH 305 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	CHAIN 'I' AND (RESID 306 THROUGH 393 )
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71	X-RAY DIFFRACTION	71	CHAIN 'J' AND (RESID 82 THROUGH 110 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	CHAIN 'J' AND (RESID 111 THROUGH 172 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	CHAIN 'J' AND (RESID 173 THROUGH 225 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	CHAIN 'J' AND (RESID 226 THROUGH 255 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	CHAIN 'J' AND (RESID 256 THROUGH 298 )
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77	X-RAY DIFFRACTION	77	CHAIN 'J' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
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81	X-RAY DIFFRACTION	81	CHAIN 'K' AND (RESID 210 THROUGH 256 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	CHAIN 'K' AND (RESID 257 THROUGH 305 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	CHAIN 'K' AND (RESID 306 THROUGH 388 )
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90	X-RAY DIFFRACTION	90	CHAIN 'L' AND (RESID 257 THROUGH 305 )
91	X-RAY DIFFRACTION	91	CHAIN 'L' AND (RESID 306 THROUGH 393 )
92	X-RAY DIFFRACTION	92	CHAIN 'L' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
93	X-RAY DIFFRACTION	93	CHAIN 'M' AND (RESID 7 THROUGH 81 )
94	X-RAY DIFFRACTION	94	CHAIN 'M' AND (RESID 82 THROUGH 125 )
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100	X-RAY DIFFRACTION	100	CHAIN 'N' AND (RESID 7 THROUGH 153 )
101	X-RAY DIFFRACTION	101	CHAIN 'N' AND (RESID 154 THROUGH 209 )
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105	X-RAY DIFFRACTION	105	CHAIN 'N' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
106	X-RAY DIFFRACTION	106	CHAIN 'O' AND (RESID 7 THROUGH 81 )
107	X-RAY DIFFRACTION	107	CHAIN 'O' AND (RESID 82 THROUGH 125 )
108	X-RAY DIFFRACTION	108	CHAIN 'O' AND (RESID 126 THROUGH 153 )
109	X-RAY DIFFRACTION	109	CHAIN 'O' AND (RESID 154 THROUGH 209 )
110	X-RAY DIFFRACTION	110	CHAIN 'O' AND (RESID 210 THROUGH 237 )
111	X-RAY DIFFRACTION	111	CHAIN 'O' AND (RESID 238 THROUGH 273 )
112	X-RAY DIFFRACTION	112	CHAIN 'O' AND (RESID 274 THROUGH 298 )
113	X-RAY DIFFRACTION	113	CHAIN 'O' AND (RESID 299 THROUGH 354 )
114	X-RAY DIFFRACTION	114	CHAIN 'O' AND (RESID 355 THROUGH 393 )
115	X-RAY DIFFRACTION	115	CHAIN 'O' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
116	X-RAY DIFFRACTION	116	CHAIN 'P' AND (RESID 7 THROUGH 96 )
117	X-RAY DIFFRACTION	117	CHAIN 'P' AND (RESID 97 THROUGH 125 )
118	X-RAY DIFFRACTION	118	CHAIN 'P' AND (RESID 126 THROUGH 209 )
119	X-RAY DIFFRACTION	119	CHAIN 'P' AND (RESID 210 THROUGH 237 )
120	X-RAY DIFFRACTION	120	CHAIN 'P' AND (RESID 238 THROUGH 340 )
121	X-RAY DIFFRACTION	121	CHAIN 'P' AND (RESID 341 THROUGH 393 )
122	X-RAY DIFFRACTION	122	CHAIN 'P' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
123	X-RAY DIFFRACTION	123	CHAIN 'Q' AND (RESID 7 THROUGH 91 )
124	X-RAY DIFFRACTION	124	CHAIN 'Q' AND (RESID 92 THROUGH 125 )
125	X-RAY DIFFRACTION	125	CHAIN 'Q' AND (RESID 126 THROUGH 226 )
126	X-RAY DIFFRACTION	126	CHAIN 'Q' AND (RESID 227 THROUGH 255 )
127	X-RAY DIFFRACTION	127	CHAIN 'Q' AND (RESID 256 THROUGH 298 )
128	X-RAY DIFFRACTION	128	CHAIN 'Q' AND (RESID 299 THROUGH 393 )
129	X-RAY DIFFRACTION	129	CHAIN 'Q' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
130	X-RAY DIFFRACTION	130	CHAIN 'R' AND (RESID 7 THROUGH 96 )
131	X-RAY DIFFRACTION	131	CHAIN 'R' AND (RESID 97 THROUGH 142 )
132	X-RAY DIFFRACTION	132	CHAIN 'R' AND (RESID 143 THROUGH 209 )
133	X-RAY DIFFRACTION	133	CHAIN 'R' AND (RESID 210 THROUGH 256 )
134	X-RAY DIFFRACTION	134	CHAIN 'R' AND (RESID 257 THROUGH 305 )
135	X-RAY DIFFRACTION	135	CHAIN 'R' AND (RESID 306 THROUGH 393 )
136	X-RAY DIFFRACTION	136	CHAIN 'R' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
137	X-RAY DIFFRACTION	137	CHAIN 'Z' AND (RESID 7 THROUGH 91 )
138	X-RAY DIFFRACTION	138	CHAIN 'Z' AND (RESID 92 THROUGH 142 )
139	X-RAY DIFFRACTION	139	CHAIN 'Z' AND (RESID 143 THROUGH 209 )
140	X-RAY DIFFRACTION	140	CHAIN 'Z' AND (RESID 210 THROUGH 256 )
141	X-RAY DIFFRACTION	141	CHAIN 'Z' AND (RESID 257 THROUGH 305 )
142	X-RAY DIFFRACTION	142	CHAIN 'Z' AND (RESID 306 THROUGH 393 )
143	X-RAY DIFFRACTION	143	CHAIN 'Z' AND (RESID 394 THROUGH 421 )
144	X-RAY DIFFRACTION	144	CHAIN 'T' AND (RESID 7 THROUGH 71 )
145	X-RAY DIFFRACTION	145	CHAIN 'T' AND (RESID 72 THROUGH 125 )
146	X-RAY DIFFRACTION	146	CHAIN 'T' AND (RESID 126 THROUGH 209 )
147	X-RAY DIFFRACTION	147	CHAIN 'T' AND (RESID 210 THROUGH 237 )
148	X-RAY DIFFRACTION	148	CHAIN 'T' AND (RESID 238 THROUGH 273 )
149	X-RAY DIFFRACTION	149	CHAIN 'T' AND (RESID 274 THROUGH 298 )
150	X-RAY DIFFRACTION	150	CHAIN 'T' AND (RESID 299 THROUGH 393 )
151	X-RAY DIFFRACTION	151	CHAIN 'T' AND (RESID 394 THROUGH 421 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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