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- PDB-5vjp: Crystal Structure of Adenine Phosphoribosyltransferase from Sacch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vjp
タイトルCrystal Structure of Adenine Phosphoribosyltransferase from Saccharomyces cerevisiae Complexed with L-2,5-Dideoxy-2,5-Imino-Altritol 1,6-Bisphosphate (L-DIAB) and Adenine
要素Adenine phosphoribosyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Adenine phosphoribosyltransferase / Transition state analogue / L-2 / 5-Dideoxy-2 / 5-imino-altritol-1 / 6-bisphosphate / L-DIAB / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Purine salvage / adenine binding / adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / AMP binding / Neutrophil degranulation / metal ion binding ...Purine salvage / adenine binding / adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / AMP binding / Neutrophil degranulation / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / Chem-IR9 / Adenine phosphoribosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Harijan, R.K. / Ducati, R.G. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM41916 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Synthesis of bis-Phosphate Iminoaltritol Enantiomers and Structural Characterization with Adenine Phosphoribosyltransferase.
著者: Harris, L.D. / Harijan, R.K. / Ducati, R.G. / Evans, G.B. / Hirsch, B.M. / Schramm, V.L.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenine phosphoribosyltransferase 1
B: Adenine phosphoribosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,44912
ポリマ－41,2342
非ポリマー1,21610
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.087, 49.219, 95.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 179 / Label seq-ID: 1 - 179

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Adenine phosphoribosyltransferase 1 / APRT 1


分子量: 20616.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: APT1, YML022W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49435, adenine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-IR9 / [(2S,3R,4S,5S)-3,4-dihydroxypyrrolidine-2,5-diyl]bis(methylene) bis[dihydrogen (phosphate)]


分子量: 323.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15NO10P2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM sodium acetate, 0.2 M ammonium sulfate, 22% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月9日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→72.45 Å / Num. obs: 33741 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2392 / CC1/2: 0.77 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1G2Q

1g2q


解像度: 1.98→72.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 8.081 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28079 1727 5.1 %RANDOM
Rwork0.26194 ---
obs0.26295 31993 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.204 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.78 Å20 Å22.41 Å2
2---4.07 Å20 Å2
3----1.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.98→72.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2718 0 76 181 2975
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192856
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2472.013860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87336319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1685350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.58625.041121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.09215462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.38158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.313.9851406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3073.9831405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2075.9641754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2075.9651755
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2144.1841450
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2134.1851451
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0666.1922107
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.17347.5523104
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.17247.5513105
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10622 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 113 -
Rwork0.352 2398 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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