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万見
- PDB-5vja: Crystal Structure of human zipper-interacting protein kinase (ZIP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vja
タイトルCrystal Structure of human zipper-interacting protein kinase (ZIPK, alias DAPK3) in complex with a pyrazolo[3,4-d]pyrimidinone ligand (HS38)
要素Death-associated protein kinase 3
キーワードtransferase/transferase inhibitor / death-associated protein kinase 3 / transferase / inhibitor / smooth muscle contraction / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myosin II filament organization / leucine zipper domain binding / cAMP response element binding protein binding / regulation of smooth muscle contraction / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / regulation of cell motility / regulation of focal adhesion assembly / regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic cell cycle / regulation of autophagy ...regulation of myosin II filament organization / leucine zipper domain binding / cAMP response element binding protein binding / regulation of smooth muscle contraction / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / regulation of cell motility / regulation of focal adhesion assembly / regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic cell cycle / regulation of autophagy / regulation of actin cytoskeleton organization / apoptotic signaling pathway / PML body / small GTPase binding / cellular response to type II interferon / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromatin organization / regulation of cell shape / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DAPK3, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...DAPK3, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DUK / ISOLEUCINE / Death-associated protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Carlson, D.A. / Singer, M.R. / Sutherland, C. / Redondo, C. / Alexander, L. / Hughes, P.F. / Knapp, S. / MacDonald, J.A. / Haystead, T.A.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Mandel Foundation 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Targeting Pim Kinases and DAPK3 to Control Hypertension.
著者: Carlson, D.A. / Singer, M.R. / Sutherland, C. / Redondo, C. / Alexander, L.T. / Hughes, P.F. / Knapp, S. / Gurley, S.B. / Sparks, M.A. / MacDonald, J.A. / Haystead, T.A.J.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Death-associated protein kinase 3
B: Death-associated protein kinase 3
C: Death-associated protein kinase 3
D: Death-associated protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,02313
ポリマ－130,1804
非ポリマー1,8439
水8,575476
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area51240 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.492, 98.491, 115.022
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA7 - 2771 - 271
21ALAALABB7 - 2771 - 271
12ALAALAAA7 - 2771 - 271
22ALAALACC7 - 2771 - 271
13ALAALAAA7 - 2771 - 271
23ALAALADD7 - 2771 - 271
14ILEILEBB7 - 2781 - 272
24ILEILECC7 - 2781 - 272
15ALAALABB7 - 2771 - 271
25ALAALADD7 - 2771 - 271
16ALAALACC7 - 2771 - 271
26ALAALADD7 - 2771 - 271

NCSアンサンブル:
ID
2
1
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Death-associated protein kinase 3 / DAP kinase 3 / DAP-like kinase / Dlk / MYPT1 kinase / Zipper-interacting protein kinase / ZIP-kinase


分子量: 32545.123 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 9-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAPK3, ZIPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O43293, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-DUK / (2R)-2-{[1-(3-chlorophenyl)-4-oxo-4,5-dihydro-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl]sulfanyl}propanamide


分子量: 349.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12ClN5O2S
#4: 化合物 ChemComp-ILE / ISOLEUCINE / イソロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.9 M Na2-Malonate, pH 6.8 / PH範囲: 6.8 - 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月18日
放射モノクロメーター: Si [111] CCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→115.02 Å / Num. obs: 42067 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 6.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLM7.1.1データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
AMoRE6.5.001位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P4F

1p4f


解像度: 2.46→115.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 18.85 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.789 / ESU R Free: 0.287 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 2092 5 %RANDOM
Rwork0.18764 ---
obs0.19001 39975 96.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.798 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å2-0 Å21.81 Å2
2---0.42 Å2-0 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.46→115.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8566 0 116 476 9158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0198850
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7371.9811919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.018319411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.91451048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.99124.408431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.311151642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.421557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7981.714225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7981.7114226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9312.5515263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9292.5535263
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3742.0154625
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3612.0144624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5232.9156656
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.18620.5449777
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.15720.3329693
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A168040.07
12B168040.07
21A157400.11
22C157400.11
31A157000.11
32D157000.11
41B158700.11
42C158700.11
51B156460.11
52D156460.11
61C165020.07
62D165020.07
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.524 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 161 -
Rwork0.262 2919 -
obs--96.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8834-1.0894-0.89932.7651.70981.87710.01940.0983-0.0181-0.0604-0.0555-0.04320.03610.05720.03610.1328-0.02-0.12710.02630.03930.1485-29.1838-0.338255.0273
21.7160.97520.68452.95361.29371.9940.055-0.10470.00460.0255-0.0366-0.0551-0.08340.0733-0.01840.0681-0.0302-0.08240.02090.02590.1177-29.032610.84232.4281
33.1554-1.1966-2.5760.85220.98373.87690.2209-0.02770.28380.02180.01570.0462-0.6248-0.0631-0.23670.2737-0.0136-0.05620.0730.01980.2083-3.8609-19.416418.0293
42.36060.63011.66821.04720.86033.31220.1505-0.0316-0.2178-0.0271-0.01520.06390.5307-0.1151-0.13530.17620.008-0.08990.09380.01850.1301-3.793330.087439.4492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 277
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 277
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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