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万見
- PDB-5viv: Crystal structure of monomeric near-infrared fluorescent protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5viv
タイトルCrystal structure of monomeric near-infrared fluorescent protein miRFP670
要素monomeric near-infrared fluorescent protein miRFP670
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / near-infrared fluorescent protein / biliverdin / phytochrome / RpBphP1
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of visible light / photoreceptor activity / phosphorelay signal transduction system / kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / GAF domain ...Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9UY / Chem-9V1 / BphP1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Pletnev, S.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: Designing brighter near-infrared fluorescent proteins: insights from structural and biochemical studies.
著者: Baloban, M. / Shcherbakova, D.M. / Pletnev, S. / Pletnev, V.Z. / Lagarias, J.C. / Verkhusha, V.V.
履歴
登録2017年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: monomeric near-infrared fluorescent protein miRFP670
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7815
ポリマ－34,5351
非ポリマー1,2464
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.539, 53.282, 107.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 monomeric near-infrared fluorescent protein miRFP670


分子量: 34534.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A161I5N6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-9UY / 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethenyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid / Billeverdin IXa, bound form


分子量: 586.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H38N4O6
#3: 化合物 ChemComp-9V1 / 3-[2-[[5-[(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl] methyl]-5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]pro panoic acid / Billeverdin IXa, bound form


分子量: 588.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細9V1 is bound form of Billeverdin IXa, linked to the protein with two thioester bonds: one between ...9V1 is bound form of Billeverdin IXa, linked to the protein with two thioester bonds: one between the atom CBC of 9V1 and SG of CYS A20 and another between the atom CAC of 9V1 and SG of CYS A253. 9UY is also a bound form Billeverdin IXa. 9UY has only one thioester bond with the protein: between the atom CBC of 9UY and SG of CYS A253

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.4 M NaCl, 0.08 M Tris-HCl pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→30 Å / Num. obs: 69538 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.33→1.38 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.735 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XTQ

4xtq


解像度: 1.33→29.6 Å / SU B: 2.034 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 2105 3 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.151 67364 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.64 Å20 Å20 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3---2.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2317 0 88 314 2719
LS精密化 シェル解像度: 1.33→1.37 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.229 136
Rwork0.208 -
all-4788

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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