PDB-5vad: Crystal structure of human Prolyl-tRNA synthetase (PRS) in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vad

タイトル

Crystal structure of human Prolyl-tRNA synthetase (PRS) in complex with inhibitor

要素

Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase

キーワード

LIGASE/LIGASE inhibitor / aminoacyl-tRNA synthetase / ATP dependent / inhibitor / LIGASE-LIGASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of long-chain fatty acid import into cell / Selenoamino acid metabolism / glutamate-tRNA ligase / glutamate-tRNA ligase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / glutamyl-tRNA aminoacylation / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Cytosolic tRNA aminoacylation ...
類似検索 - 分子機能

C-terminal domain of ProRS / Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / : / Nuclear-export cofactor Arc1p / WHEP-TRS domain / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : / WHEP-TRS domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Okada, K. / Skene, R.J.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Discovery of a novel prolyl-tRNA synthetase inhibitor and elucidation of its binding mode to the ATP site in complex with l-proline.
著者: Adachi, R. / Okada, K. / Skene, R. / Ogawa, K. / Miwa, M. / Tsuchinaga, K. / Ohkubo, S. / Henta, T. / Kawamoto, T.

履歴

登録	2017年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references / Other
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vad.cif.gz	399.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vad.ent.gz	326.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vad.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/5vad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/5vad	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1h4t-1 1h4t-2 4k86-1 3ial-d 5v58-1 5xip-2 6xqb-d 4k87-1 4hvc-d 4r1i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (16) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase

B: Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase

ヘテロ分子

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.089, 92.278, 84.832
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.180, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase / Bifunctional aminoacyl-tRNA synthetase / Cell proliferation-inducing gene 32 protein / Glutamatyl- ...Bifunctional aminoacyl-tRNA synthetase / Cell proliferation-inducing gene 32 protein / Glutamatyl-prolyl-tRNA synthetase 分子量: 58405.656 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 998-1512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPRS, GLNS, PARS, QARS, QPRS, PIG32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P07814, glutamate-tRNA ligase, proline-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-91Y / 3-[(cyclohexanecarbonyl)amino]-N-(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)pyrazine-2-carboxamide 分子量: 364.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG3350, 500mM CaCl2, Hepes pH7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 41903 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Χ²: 1.004 / Net I/σ(I): 11.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.37-2.41	2.8	0.66	0.944	1	97
2.41-2.45	3.3	0.592	0.971	1	100
2.45-2.5	3.7	0.559	1.016	1	100
2.5-2.55	3.8	0.49	1.061	1	100
2.55-2.61	3.8	0.411	1.009	1	100
2.61-2.67	3.8	0.356	0.995	1	100
2.67-2.74	3.8	0.29	1.043	1	100
2.74-2.81	3.8	0.238	1.015	1	100
2.81-2.89	3.8	0.203	1.006	1	100
2.89-2.99	3.8	0.155	0.999	1	100
2.99-3.09	3.8	0.124	1.004	1	100
3.09-3.22	3.8	0.1	0.99	1	100
3.22-3.36	3.8	0.082	1.022	1	100
3.36-3.54	3.8	0.067	0.998	1	100
3.54-3.76	3.7	0.056	0.997	1	99.9
3.76-4.05	3.7	0.052	0.996	1	100
4.05-4.46	3.7	0.049	0.999	1	99.9
4.46-5.1	3.6	0.052	0.996	1	99.9
5.1-6.43	3.6	0.052	1.003	1	100
6.43-50	3.6	0.047	0.996	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.36→19.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 23.063 / SU ML: 0.265 / SU R Cruickshank DPI: 0.4583 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.458 / ESU R Free: 0.28 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2616	2113	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1958	-	-	-
obs	0.1991	39697	99.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 174.24 Å² / B_iso mean: 72.575 Å² / B_iso min: 27.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.48 Å²	0 Å²	-0.21 Å²
2-	-	-0.6 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.36→19.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7635	0	72	142	7849
B_iso mean	-	-	50.14	59.61	-
残基数	-	-	-	-	963

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	7894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.549	1.956	10701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.834	5	955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.697	24.124	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.785	15	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.877	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5960

LS精密化シェル

解像度: 2.359→2.419 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	134	-
R_work	0.307	2657	-
all	-	2791	-
obs	-	-	91.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4328	-1.5153	0.2255	3.791	-2.7182	3.9647	-0.1539	-1.104	-0.113	0.4046	0.082	-0.072	0.2325	-0.1025	0.0719	0.2204	-0.0628	0.0174	0.3517	0.0534	0.0376	-20.6065	1.9133	39.4148
2	4.4508	-0.5013	2.3361	1.1394	-0.8337	2.6559	-0.1674	-0.8919	0.2525	0.023	0.1055	0.1148	-0.0237	-0.7708	0.0619	0.073	0.0164	0.0419	0.2582	-0.0509	0.0736	-41.4503	10.983	24.0389
3	7.1676	-3.4649	0.4175	3.6907	-0.0723	1.7595	0.9129	0.4331	-1.245	-0.6175	-0.4627	-0.0491	0.413	0.3261	-0.4502	0.4609	0.1198	-0.1311	0.1412	-0.0319	0.5332	-11.9526	-16.8441	25.2025
4	7.6364	-2.3716	-1.3817	2.2523	0.2728	2.19	0.4277	-0.2198	-1.4598	0.0884	-0.0946	0.0964	0.6679	-0.1332	-0.3332	0.4982	-0.1074	-0.2327	0.1326	0.1875	0.7655	-29.535	-20.0841	29.4773
5	3.333	-4.8209	2.3635	7.9364	-2.3911	8.3174	-0.1281	-0.8899	-0.323	0.6429	0.1756	0.3942	-0.1319	-1.0737	-0.0475	0.5093	-0.4186	0.2034	1.7111	0.3322	0.2889	-51.275	-0.6029	48.9799
6	6.9798	-0.3675	1.2215	3.4904	1.4506	4.5168	-0.0086	-1.1662	0.0522	0.4323	-0.1027	0.3733	0.0689	-0.6461	0.1113	0.4395	-0.1539	0.2077	0.9759	0.2812	0.305	-53.1572	-1.9696	42.4581
7	4.5014	-0.4381	2.0264	1.1592	-0.4781	2.7386	-0.3257	0.4433	0.7483	-0.0005	-0.1416	-0.4102	-0.3212	0.7188	0.4673	0.101	-0.0783	0.0045	0.1917	0.1185	0.2776	-13.4917	17.4718	17.4574
8	7.0843	3.7723	5.6228	4.3056	3.6758	5.6892	0.2556	0.8152	-0.0522	-0.0405	-0.1533	0.4047	0.3486	0.5129	-0.1023	0.4501	0.0553	0.0148	0.3639	-0.0136	0.2494	-40.3611	6.9819	-11.025
9	7.627	5.2457	2.6502	7.426	1.6591	1.5597	-0.0023	1.1578	-0.2623	-0.4977	-0.0244	-0.4369	-0.1718	0.7428	0.0267	0.5148	0.0423	0.1408	0.9914	0.0251	0.2056	-22.8488	11.5379	-14.1658
10	2.0805	1.932	0.9472	3.9203	-1.2865	2.8607	-0.3629	0.8464	0.4941	-0.3988	0.2478	0.1233	-0.3848	0.6504	0.1152	1.0909	-0.3132	0.0789	1.5866	0.8964	1.6461	-3.973	38.1371	-0.5171
11	6.4645	-1.4505	3.5048	6.2213	2.2044	3.9597	0.0565	0.8846	0.8396	-0.5735	-0.0012	-0.7936	-0.5669	0.5847	-0.0554	0.5363	-0.3119	0.1939	0.7941	0.4958	0.7083	-1.729	31.9903	0.3221

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1016 - 1050
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1051 - 1287
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1288 - 1388
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1389 - 1426
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1427 - 1460
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1461 - 1512
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1051 - 1287
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1288 - 1388
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1389 - 1426
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1427 - 1460
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1461 - 1512

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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