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- PDB-5v4x: Human glucokinase in complex with novel pyrazole activator. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v4x
タイトルHuman glucokinase in complex with novel pyrazole activator.
要素Glucokinase
キーワードtransferase/transferase activator / activator / complex / glucokinase / transferase-transferase activator complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucose catabolic process / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process ...Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucose catabolic process / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / NADP metabolic process / D-glucose binding / cellular response to leptin stimulus / canonical glycolysis / calcium ion import / Glycolysis / regulation of glycolytic process / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / regulation of insulin secretion / positive regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of gluconeogenesis / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / response to glucose / glycolytic process / positive regulation of insulin secretion / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / glucose homeostasis / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. ...Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8WJ / alpha-D-glucopyranose / IODIDE ION / Hexokinase-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Skene, R.J. / Hosfiled, D.J.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: Discovery of potent and orally active 1,4-disubstituted indazoles as novel allosteric glucokinase activators.
著者: Cheruvallath, Z.S. / Gwaltney, S.L. / Sabat, M. / Tang, M. / Wang, H. / Jennings, A. / Hosfield, D. / Lee, B. / Wu, Y. / Halkowycz, P. / Grimshaw, C.E.
履歴
登録2017年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4176
ポリマ－51,3931
非ポリマー1,0245
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.874, 77.855, 119.927
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glucokinase / Hexokinase type IV / HK IV / Hexokinase-4 / HK4 / Hexokinase-D


分子量: 51392.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35557, glucokinase
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-8WJ / (2S)-3-cyclohexyl-2-[4-(cyclopentylsulfonyl)-2-oxopyridin-1(2H)-yl]-N-(1,3-thiazol-2-yl)propanamide


分子量: 463.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N3O4S2
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% PEG3350, 200 mM ammonium iodide, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 26923 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 151398
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.08-2.143.10.4430.916166.9
2.14-2.213.70.4360.979184.7
2.21-2.294.40.3011.02194.7
2.29-2.385.20.3091.017199
2.38-2.495.80.2341.062199.8
2.49-2.626.10.1921.1151100
2.62-2.786.20.141.0671100
2.78-36.40.0981.0721100
3-3.36.50.0751.0221100
3.3-3.786.40.0681.0171100
3.78-4.766.30.0580.9751100
4.76-506.10.0420.986199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.08→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 11.151 / SU ML: 0.144 / SU R Cruickshank DPI: 0.2347 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.201 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2503 1355 5 %RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.1973 25508 95.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.97 Å2 / Biso mean: 42.197 Å2 / Biso min: 16.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å2-0 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.08→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3281 0 46 219 3546
Biso mean--45.75 45.48 -
残基数----420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.9864541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7045416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.95323.806155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.15515623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.4051529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022494
LS精密化 シェル解像度: 2.082→2.136 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 77 -
Rwork0.293 1263 -
all-1340 -
obs--65.02 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.4632 Å / Origin y: -7.212 Å / Origin z: -20.9418 Å
111213212223313233
T0.0262 Å2-0.0122 Å20.0072 Å2-0.0247 Å2-0.0001 Å2--0.0174 Å2
L0.8429 °20.0475 °20.7344 °2-0.7073 °20.3794 °2--1.5665 °2
S-0.0569 Å °0.0378 Å °0.0721 Å °-0.0207 Å °0.0041 Å °-0.0525 Å °-0.0097 Å °0.1126 Å °0.0528 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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