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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uv3 | ||||||
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タイトル | Kaposi's Sarcoma Herpesvirus Protease in Complex with Allosteric Inhibitor | ||||||
要素 | ORF 17 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Serine Hydrolase / Viral Protein / Capsid Maturation / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 assemblin / viral release from host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Acker, T.M. / Gable, J. / Bohn, M.-F. / Craik, C.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Kaposi's Sarcoma Herpesvirus Protease in Complex with Allosteric Inhibitor 著者: Acker, T.M. / Craik, C.S. / Bohn, M.-F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5uv3.cif.gz | 94.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5uv3.ent.gz | 71.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5uv3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5uv3_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5uv3_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5uv3_validation.xml.gz | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5uv3_validation.cif.gz | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/5uv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/5uv3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21193.111 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 23-215 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) 遺伝子: ORF17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O40922 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Imidazole pH 8.0, 0.42M NaH2PO4/1.68M K2HPO4, 0.2M KCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→61.2 Å / Num. obs: 57222 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Net I/σ(I): 10.93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3NJQ 解像度: 1.95→61.178 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.45 / 位相誤差: 27.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.65 Å2 / Biso mean: 36.7903 Å2 / Biso min: 13.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→61.178 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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