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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uj4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the KPC-2 beta-lactamase complexed with hydrolyzed faropenem | ||||||
![]() | Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC | ||||||
![]() | HYDROLASE/ANTIBIOTIC / carbapenemase / faropenem / beta-lactamase / complex / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pemberton, O.A. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular Basis of Substrate Recognition and Product Release by the Klebsiella pneumoniae Carbapenemase (KPC-2). 著者: Pemberton, O.A. / Zhang, X. / Chen, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 839.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 840.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30806.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SFR / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.03 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 5% (v/v) Ethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月6日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→46.98 Å / Num. all: 52337 / Num. obs: 52337 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 16.15 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.102 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 367121 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.81 Å2 / Biso mean: 23.4191 Å2 / Biso min: 11.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→36.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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