PDB-5u89: Crystal structure of a cross-module fragment from the dimodular N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u89

タイトル

Crystal structure of a cross-module fragment from the dimodular NRPS DhbF

要素

Amino acid adenylation domain protein
MbtH domain protein

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / nonribosomal peptide synthetase / MbtH-like protein / mechanism-based inhibitor / megaenzyme / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / biosynthetic process / phosphopantetheine binding / catalytic activity / antibiotic biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.075 Å

データ登録者

Tarry, M.J. / Schmeing, T.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: X-Ray Crystallography and Electron Microscopy of Cross- and Multi-Module Nonribosomal Peptide Synthetase Proteins Reveal a Flexible Architecture.
著者: Michael J Tarry / Asfarul S Haque / Khanh Huy Bui / T Martin Schmeing /

要旨: Nonribosomal peptide synthetases (NRPS) are macromolecular machines that produce peptides with diverse activities. Structural information exists for domains, didomains, and even modules, but little ...

履歴

登録	2016年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u89.cif.gz	413.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u89.ent.gz	330.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u89.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5u89_validation.pdf.gz	695.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u89_full_validation.pdf.gz	700.7 KB	表示
XML形式データ	5u89_validation.xml.gz	37.1 KB	表示
CIF形式データ	5u89_validation.cif.gz	50.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u8/5u89	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8510C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yqh-d 1ndi-d 1cm5-d 1ndf-d 3pfl-d 2yqj-d 1h17-1 3vsg-d 6uru-d 6mvo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (6) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Amino acid adenylation domain protein

B: MbtH domain protein

ヘテロ分子

131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.510, 119.510, 589.647
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Amino acid adenylation domain protein / Bacillibactin synthetase subunit F 分子量: 121345.070 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 437-1504 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Geobacillus sp. (バクテリア) / 株: Y4.1MC1 / 遺伝子: GY4MC1_0171 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6BHX2, UniProt: A0A7U3YCA6*PLUS
#2: タンパク質	MbtH domain protein 分子量: 9246.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Geobacillus sp. (バクテリア) / 株: Y4.1MC1 / 遺伝子: GY4MC1_0172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6BHX3, UniProt: A0A7U3YBY3*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-MJ8 / 5'-({[(2R)-3-amino-2-{[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl]sulfanyl}propyl]sulfonyl}amino)-5'-deoxyadenosine 分子量: 743.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₂N₉O₁₂PS₂
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.57 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5, 2 mM EDTA, 0.008% (v/v) octyl-beta-D galactoside

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.075→58.56 Å / Num. obs: 47171 / % possible obs: 98.56 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.06869 / R_sym value: 0.06869 / Net I/σ(I): 5.04

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 3.075→58.564 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2588	2295	4.87 %
R_work	0.2163	-	-
obs	0.2184	47160	98.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.075→58.564 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8060	0	47	0	8107

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8308
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.616	11415
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.487	2847
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	1362
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1472

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0753-3.1421	0.4005	124	0.3722	2271	X-RAY DIFFRACTION	82
3.1421-3.2152	0.3922	132	0.3281	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2152-3.2956	0.3613	143	0.3138	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2956-3.3847	0.3195	169	0.2945	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3847-3.4843	0.367	149	0.2809	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4843-3.5967	0.2706	115	0.2563	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5967-3.7253	0.2927	133	0.2439	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7253-3.8744	0.2465	149	0.2259	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8744-4.0507	0.2443	160	0.2041	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0507-4.2642	0.2279	157	0.1872	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2642-4.5313	0.1924	127	0.172	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5313-4.881	0.2189	143	0.1655	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
4.881-5.3719	0.1993	135	0.1772	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3719-6.1484	0.2776	153	0.2069	2880	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1484-7.7436	0.2444	151	0.2194	2945	X-RAY DIFFRACTION	99
7.7436-58.5748	0.2501	155	0.1957	3151	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5191	0.4268	-0.3715	1.1516	-0.579	1.5961	0.118	0.1826	-0.1432	-0.1408	-0.1023	-0.0327	0.0442	0.0613	-0.0566	0.3637	0.0146	0.0021	0.6294	0.2479	0.5846	-44.9912	43.2241	-1.415
2	8.8272	-0.9373	0.6691	3.8254	0.6481	2.3549	0.2988	0.396	0.0664	0.222	0.0507	-0.0109	0.0154	0.1072	-0.2145	0.4601	-0.0575	0.176	0.9963	0.5814	1.1434	-63.9136	69.1544	-10.4465
3	5.1957	3.5617	1.2147	3.7652	0.8471	2.838	-0.1486	0.9158	0.7153	-0.1075	0.596	-0.011	-0.4264	-0.0485	-0.3413	0.4259	-0.0349	0.1572	1.1934	0.5909	1.0805	-66.1798	71.2076	-15.0332
4	5.3971	-0.1771	1.7075	2.7031	-0.4899	4.0956	-0.0693	-0.4033	0.2666	-0.1076	0.3073	0.4874	0.01	-0.1418	-0.1989	0.5634	0.0827	0.0109	0.3402	0.1304	0.3775	-40.1025	104.8971	-35.5572
5	1.8843	-0.8982	0.3058	2.2024	-0.5783	1.0661	0.021	-0.2349	0.0074	-0.1214	0.1061	0.0403	-0.0381	-0.077	-0.1206	0.3806	0.018	-0.0134	0.4982	0.1451	0.4057	-29.4154	90.658	-32.4123
6	5.2409	0.3355	-0.5142	2.6851	1.8876	3.8669	0.4771	-0.4932	0.2568	0.2641	-0.3299	-0.1417	-0.1898	0.3935	-0.07	0.4317	-0.0895	0.1339	0.6637	0.2639	0.754	-62.8318	45.8679	20.7599

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 438:853)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 854:902)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 912:957)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 1058:1114)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 1118:1494)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 6:69)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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