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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u5z | ||||||
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タイトル | CcP gateless cavity | ||||||
![]() | Peroxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Model system / Cytochrome c Peroxidase / GIST / desolvation / docking / ligand binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / metal ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fischer, M. / Shoichet, B.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Testing inhomogeneous solvation theory in structure-based ligand discovery. 著者: Balius, T.E. / Fischer, M. / Stein, R.M. / Adler, T.B. / Nguyen, C.N. / Cruz, A. / Gilson, M.K. / Kurtzman, T. / Shoichet, B.K. #1: ![]() タイトル: Incorporation of protein flexibility and conformational energy penalties in docking screens to improve ligand discovery. 著者: Fischer, M. / Coleman, R.G. / Fraser, J.S. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 192.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 155.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 797 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 797.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32928.582 Da / 分子数: 1 / 変異: P190G, W191G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: RM11-1a / 遺伝子: SCRG_04081 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B3LRE1, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-7VP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.08 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Compound soaked into crystal grown in equal volume of 500mM MES buffer (pH 6.0) and 25% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月13日 | ||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: KOHZU DUAL DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1158 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.26→73.24 Å / Num. obs: 90514 / % possible obs: 84.7 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 14.05 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 1022444 / Scaling rejects: 460 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.32 Å2 / Biso mean: 20.3868 Å2 / Biso min: 9.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.26→52.414 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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