PDB-5txy: Identification of a New Zinc Binding Chemotype of by Fragment Scr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5txy

タイトル

Identification of a New Zinc Binding Chemotype of by Fragment Screening on human carbonic anhydrase

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / human carbonic anhydrase / Zinc Binding Chemotype / crystal / crystallization

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.206 Å

データ登録者

Ren, B. / Peat, T.S. / Poulsen, S.-A.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Identification of a New Zinc Binding Chemotype by Fragment Screening.
著者: Chrysanthopoulos, P.K. / Mujumdar, P. / Woods, L.A. / Dolezal, O. / Ren, B. / Peat, T.S. / Poulsen, S.A.

履歴

登録	2016年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5txy.cif.gz	131 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5txy.ent.gz	100.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5txy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5txy_validation.pdf.gz	452.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5txy_full_validation.pdf.gz	454 KB	表示
XML形式データ	5txy_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	5txy_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5txy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/5txy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ty1C 5ty8C 5ty9C 5tyaC 5u0dC 5u0eC 5u0fC 5u0gC 5vgyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ryz-d 2geh-d 1cnb-d 4q78-d 3n4b-d 2ez7-d 1zsa-d 1bic-d 4e5q-d 6h6s-2 1uge-d 1rza-d 5wlr-d 6u4q-d 3hkn-d 1bn3-d 1yo2-d 1raz-d 6nj2-1 1g54-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.154, 41.410, 72.072
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-7Q1 / (5R)-5-phenyl-1,3-oxazolidine-2,4-dione 分子量: 177.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.93 %
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.58 M ammonium sulfate, 0.1 M tris-chloride (pH 8.9)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.206→40.871 Å / Num. obs: 71984 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 12.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.206→40.871 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1748	1992	2.77 %
R_work	0.1589	-	-
obs	0.1594	71970	96.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.206→40.871 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2039	0	17	435	2491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2244
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.586	3065
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.081	853
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	406

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2064-1.2366	0.2683	120	0.2473	4571	X-RAY DIFFRACTION	90
1.2366-1.27	0.2573	146	0.2214	4864	X-RAY DIFFRACTION	95
1.27-1.3074	0.2148	143	0.1953	4919	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3074-1.3496	0.2073	135	0.1868	4920	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3496-1.3978	0.1993	148	0.1801	4950	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3978-1.4538	0.2047	138	0.1711	4979	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4538-1.52	0.1919	144	0.1671	4975	X-RAY DIFFRACTION	97
1.52-1.6001	0.1897	143	0.1535	5032	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6001-1.7004	0.2036	144	0.1515	5033	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7004-1.8317	0.1617	148	0.1466	5046	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8317-2.016	0.1531	151	0.148	5096	X-RAY DIFFRACTION	98
2.016-2.3077	0.181	139	0.1484	5110	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3077-2.9073	0.1726	148	0.1568	5181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9073-40.8943	0.1426	145	0.1481	5302	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4443	0.3903	0.8446	0.6579	-0.4246	1.5876	-0.0553	0.0503	-0.2469	-0.1693	-0.0168	-0.4296	0.1236	0.1312	0.0637	0.0843	0.0078	0.0478	0.1403	-0.0033	0.1867	29.8385	-4.3019	15.0739
2	1.5319	0.1705	-0.2895	1.3845	-0.1002	0.9654	-0.0887	-0.166	0.0499	0.1273	0.0964	-0.1061	0.0273	0.1135	0.0031	0.0756	0.0197	-0.0085	0.1134	-0.0037	0.0748	18.4055	-2.8727	28.669
3	0.7736	-0.4522	0.3509	1.0608	-0.2029	0.9221	0.0606	-0.081	0.1326	-0.1149	0.0422	0.0922	-0.1811	-0.2072	-0.0843	0.1083	-0.005	-0.0162	0.1355	0.0042	0.1105	4.5744	4.1021	14.2718
4	0.7038	0.1335	-0.1201	0.8262	0.085	0.8636	-0.0216	-0.0102	0.0544	-0.064	0.0288	0.1189	-0.0497	-0.0275	-0.0058	0.0787	-0.0032	-0.0038	0.073	0.0035	0.0872	8.1914	-0.2938	17.2338
5	0.5722	0.1372	-0.0644	1.1063	0.2927	0.7817	0.01	-0.0298	0.0414	-0.0768	-0.0122	0.0784	-0.0555	-0.0117	-0.0075	0.0761	0.0029	-0.0026	0.0696	0.0033	0.0711	9.1411	3.5243	17.7977
6	3.723	1.8374	-1.3591	2.6086	-1.2561	2.6266	-0.1572	0.4982	-0.0748	-0.5428	0.1104	0.1346	0.0759	-0.2875	0.0644	0.2046	-0.009	-0.0349	0.1512	-0.0203	0.1026	5.4635	-6.1338	0.0162
7	1.0239	0.0118	-0.1631	0.6536	0.0203	0.7006	0.0325	0.1906	0.0069	-0.2237	-0.0031	0.0852	-0.0676	-0.1486	-0.0183	0.1502	0.0068	-0.0219	0.1159	0.0131	0.0942	5.1232	-0.3038	5.9687
8	0.3516	-0.1328	0.0221	0.6742	0.1434	0.6486	-0.0086	-0.0419	-0.0065	-0.0145	0.0116	0.0205	0.012	0.0039	-0.0036	0.0648	0.0033	0.0015	0.0728	0.0013	0.0767	10.9114	-1.4634	22.2911
9	1.6157	0.2323	-0.6186	1.0632	-0.5613	1.2803	-0.013	0.2311	-0.2088	-0.2952	-0.0258	-0.1325	0.0087	0.0662	0.0172	0.1806	-0.0091	0.026	0.1179	-0.0235	0.0892	16.0095	-10.5004	1.1043
10	0.8566	-0.1059	0.4434	1.1554	0.5435	0.9555	-0.013	-0.1583	-0.0029	0.0286	0.0872	-0.0574	0.0321	0.1065	-0.07	0.0658	0.0017	0.0066	0.076	0.0156	0.0758	15.8435	-5.9656	23.8872

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 19 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 39 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 70 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 71 through 115 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 116 through 153 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 154 through 166 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 167 through 189 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 190 through 218 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 219 through 237 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 238 through 260 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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