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万見
- PDB-5std: SCYTALONE DEHYDRATASE PLUS INHIBITOR 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5std
タイトルSCYTALONE DEHYDRATASE PLUS INHIBITOR 2
要素Scytalone dehydratase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


scytalone dehydratase / scytalone dehydratase activity / melanin biosynthetic process / endosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Scytalone dehydratase / : / Scytalone dehydratase / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UNN / Scytalone dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Magnaporthe grisea (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wawrzak, Z. / Sandalova, T. / Steffens, J.J. / Basarab, G.S. / Lundqvist, T. / Lindqvist, Y. / Jordan, D.B.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: High-resolution structures of scytalone dehydratase-inhibitor complexes crystallized at physiological pH.
著者: Wawrzak, Z. / Sandalova, T. / Steffens, J.J. / Basarab, G.S. / Lundqvist, T. / Lindqvist, Y. / Jordan, D.B.
履歴
登録1999年2月10日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月21日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Scytalone dehydratase
B: Scytalone dehydratase
C: Scytalone dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3749
ポリマ－58,1283
非ポリマー1,2466
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA
2
A: Scytalone dehydratase
B: Scytalone dehydratase
C: Scytalone dehydratase
ヘテロ分子

A: Scytalone dehydratase
B: Scytalone dehydratase
C: Scytalone dehydratase
ヘテロ分子

A: Scytalone dehydratase
B: Scytalone dehydratase
C: Scytalone dehydratase
ヘテロ分子

A: Scytalone dehydratase
B: Scytalone dehydratase
C: Scytalone dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,49736
ポリマ－232,51112
非ポリマー4,98624
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area36980 Å2
ΔGint-266 kcal/mol
Surface area77920 Å2
手法PISA
3
A: Scytalone dehydratase
B: Scytalone dehydratase
C: Scytalone dehydratase
ヘテロ分子

A: Scytalone dehydratase
B: Scytalone dehydratase
C: Scytalone dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,74818
ポリマ－116,2556
非ポリマー2,49312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area18210 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area38900 Å2
手法PISA
4
A: Scytalone dehydratase
B: Scytalone dehydratase
C: Scytalone dehydratase
ヘテロ分子

A: Scytalone dehydratase
B: Scytalone dehydratase
C: Scytalone dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,74818
ポリマ－116,2556
非ポリマー2,49312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area17590 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area39680 Å2
手法PISA
5
A: Scytalone dehydratase
B: Scytalone dehydratase
C: Scytalone dehydratase
ヘテロ分子

A: Scytalone dehydratase
B: Scytalone dehydratase
C: Scytalone dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,74818
ポリマ－116,2556
非ポリマー2,49312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area17430 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area39850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.620, 92.290, 164.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

CA

21B-502-

CA

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要素

#1: タンパク質 Scytalone dehydratase / SDH


分子量: 19375.893 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe grisea (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56221, scytalone dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-UNN / (6,7-DIFLUORO-QUINAZOLIN-4-YL)-(1-METHYL-2,2-DIPHENYL-ETHYL)-AMINE / 6,7-ジフルオロ-N-[(1S)-1-メチル-2,2-ジフェニルエチル]-4-キナゾリンアミン


分子量: 375.414 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H19F2N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1200 mM1reservoirCaCl2
234 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 47813 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル最高解像度: 1.95 Å / % possible all: 85.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 424274
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1STD

1std


解像度: 1.95→20 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 -7.5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs-424274 92.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4104 0 87 239 4430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.686
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.07
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.206
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 44250 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor obs: 0.212
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.07
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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