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万見
- PDB-5ssy: Crystal Structure of human formylglycine generating enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ssy
タイトルCrystal Structure of human formylglycine generating enzyme
要素Formylglycine-generating enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / FORMYLGLYCINE / MULTIPLE SULFATASE DEFICIENCY / COPPER
機能・相同性
機能・相同性情報


The activation of arylsulfatases / formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / glycosphingolipid catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / cupric ion binding / post-translational protein modification / oxidoreductase activity / endoplasmic reticulum lumen ...The activation of arylsulfatases / formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / glycosphingolipid catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / cupric ion binding / post-translational protein modification / oxidoreductase activity / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sulfatase-modifying factor enzyme / Sulfatase-modifying factor enzyme 1-like domain / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / methyl N-acetyl-L-cysteinate / Formylglycine-generating enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Radhakrishnan, K. / Schlotawa, L. / Rudolph, M.G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
University of Bielefeld ドイツ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of human formylglycine generating enzyme in complex with N-acetyl-cysteine methylester
著者: Kowal, J. / Schlotawa, L. / Rudolph, M.G. / Niemann, H.
履歴
登録2022年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_title
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formylglycine-generating enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6716
ポリマ－36,1291
非ポリマー5425
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, elutes as a monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.475, 61.731, 109.719
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-777-

HOH

21A-828-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Formylglycine-generating enzyme / FGE / C-alpha-formylglycine-generating enzyme 1 / Sulfatase-modifying factor 1


分子量: 36128.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUMF1, PSEC0152, UNQ3037/PRO9852 / プラスミド: pAcGP67B-His7 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NBK3, formylglycine-generating enzyme
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 361分子

#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-UG6 / methyl N-acetyl-L-cysteinate / N-アセチル-L-システインメチル


分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 9.6 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH8.0 mixed 1:1 with reservoir 0.1M Tris/HCl pH 8.5, 20-25% PEG4000, 0.2-0.3M CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→54.86 Å / Num. obs: 87450 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 5.247 % / Biso Wilson estimate: 10.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 9.13 / Num. measured all: 458831 / Scaling rejects: 4407
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.2-1.231.881.2660.537660679440750.5391.66160
1.23-1.262.2910.9980.911799663551500.7071.2677.6
1.26-1.32.8581.2610.7916657645658290.6551.52890.3
1.3-1.344.1121.1581.0325506629962030.571.32998.5
1.34-1.395.3060.9411.8631703607059750.7991.04598.4
1.39-1.436.0530.7082.1935836592259200.8060.775100
1.43-1.495.9240.6443.0933289569956190.8710.70798.6
1.49-1.555.8910.4653.9731658550753740.9330.51297.6
1.55-1.625.9710.3075.0231532528252810.9470.337100
1.62-1.76.4450.2376.7832367502250220.9710.258100
1.7-1.796.6960.2038.6432156480548020.9790.2299.9
1.79-1.96.5370.15611.2529718459245460.9870.1799
1.9-2.035.7840.1214.7523090427939920.9890.13393.3
2.03-2.195.4460.09117.0821513403939500.9920.10297.8
2.19-2.45.6720.07121.1320540369036210.9940.0898.1
2.4-2.686.4080.06324.7721658339233800.9960.06999.6
2.68-3.16.3220.05228.3318839299029800.9980.05799.7
3.1-3.795.7420.04332.1514578256025390.9970.04899.2
3.79-5.365.6230.04134.5511230202519970.9970.04598.6
5.36-54.866.2780.03635.967502120011950.9980.03999.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.29→54.86 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2371 6595 5.09 %RANDOM
Rwork0.2116 122908 --
obs0.2129 129503 89.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.31 Å2 / Biso mean: 15.3565 Å2 / Biso min: 5.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.29→54.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2196 0 39 357 2592
Biso mean--23.95 23.39 -
残基数----277
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.29-1.30.6395230.51264304539
1.3-1.320.3749460.39641113115924
1.32-1.330.33941050.29081856196141
1.33-1.350.2811860.29172801298761
1.35-1.370.38612030.35773691389480
1.37-1.380.50112310.4494010424189
1.38-1.40.27332240.25954637486199
1.4-1.430.23723000.25645094809100
1.43-1.450.3432700.34884547481799
1.45-1.470.33582230.341645904813100
1.47-1.50.28451990.29834602480199
1.5-1.520.40132670.3554456472398
1.52-1.550.30852220.25844569479199
1.55-1.590.20672350.188745754810100
1.59-1.620.20752280.180746154843100
1.62-1.660.21552220.181346214843100
1.66-1.70.20632130.174546074820100
1.7-1.740.22142660.191645924858100
1.74-1.80.212660.174646014867100
1.8-1.850.18012620.176245014763100
1.85-1.920.34762360.32164368460495
1.92-20.23152200.23774380460095
2-2.090.3542660.25234430469697
2.09-2.20.22952280.174550477899
2.2-2.340.26322360.2524387462395
2.34-2.520.21662500.182445954845100
2.52-2.770.18852090.188645854794100
2.77-3.170.2112610.171645834844100
3.17-3.990.16822710.15824516478799
3.99-54.860.16332270.146245914818100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4626-0.00830.27090.39970.26090.3193-0.01120.05550.0275-0.14220.0146-0.0188-0.09870.1085-00.121-0.00740.00550.07620.00180.081318.105680.300813.1323
20.48630.13140.18280.4056-0.15560.24-0.0410.0241-0.092-0.01240.03830.06720.07510.0158-0.00150.0683-0.00630.00350.08-0.00670.08466.787859.365121.0008
30.7555-0.0497-0.02370.6268-0.03660.3856-0.00190.0262-0.0492-0.00740.0066-0.03410.01640.00550.00050.05060.0016-0.00140.0457-0.00930.037217.641666.348619.3597
40.53110.15090.0180.14060.06170.5273-0.00510.13290.0697-0.2263-0.0202-0.0539-0.06550.0872-0.00030.1262-0.0015-0.01120.1033-0.00220.071216.728772.20557.8031
50.53820.06570.15390.6738-0.22040.2472-0.0306-0.03390.03720.0309-0.02690.1668-0.0606-0.1223-0.03070.07010.01760.00280.0794-0.00930.08877.271372.127220.7751
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 87 through 127 )A87 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 128 through 179 )A128 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resid 180 through 309 ) or (resid 500))A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ((resid 310 through 349 ) or (name CU))A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 350 through 375 )A350 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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