PDB-5sjy: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sjy

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c1(c(Br)c(nn1C)C)C(=O)Nc3nc2nc(cn2cc3)c4ccccc4, micromolar IC50=0.026781

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Peters, J. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sjy.cif.gz	267.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sjy.ent.gz	216.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sjy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sjy_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sjy_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5sjy_validation.xml.gz	52.2 KB	表示
CIF形式データ	5sjy_validation.cif.gz	69 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sjy	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	136.053, 136.053, 235.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-K9X / 4-bromo-1,3-dimethyl-N-[(4R)-2-phenylimidazo[1,2-a]pyrimidin-7-yl]-1H-pyrazole-5-carboxamide 分子量: 411.255 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₅BrN₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.87 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→43.81 Å / Num. obs: 82691 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.737 % / B_iso Wilson estimate: 53.683 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.159 / R_rim(I) all: 0.17 / Χ²: 0.799 / Net I/σ(I): 8.25 / Num. measured all: 639792 / Scaling rejects: 28

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	8.008	2.029	1.1	48922	6117	6109	0.351	2.169	99.9
2.26-2.32	7.993	1.705	1.35	47636	5962	5960	0.442	1.822	100
2.32-2.39	7.894	1.434	1.61	46084	5838	5838	0.555	1.535	100
2.39-2.46	7.769	1.146	2.02	43636	5617	5617	0.662	1.227	100
2.46-2.54	7.389	0.971	2.38	40204	5441	5441	0.714	1.044	100
2.54-2.63	7.683	0.72	3.19	40775	5307	5307	0.823	0.772	100
2.63-2.73	8.1	0.565	4.1	41158	5081	5081	0.877	0.603	100
2.73-2.84	8.084	0.454	5	39945	4943	4941	0.922	0.484	100
2.84-2.97	8.028	0.348	6.35	37427	4662	4662	0.953	0.372	100
2.97-3.11	7.931	0.273	7.98	35521	4479	4479	0.965	0.292	100
3.11-3.28	7.395	0.205	9.87	31830	4304	4304	0.978	0.221	100
3.28-3.48	7.61	0.15	12.98	30705	4035	4035	0.988	0.161	100
3.48-3.72	7.951	0.117	16.16	30104	3786	3786	0.991	0.126	100
3.72-4.02	7.721	0.101	18.29	27201	3525	3523	0.991	0.108	99.9
4.02-4.4	7.402	0.092	19.54	24293	3284	3282	0.992	0.098	99.9
4.4-4.92	6.825	0.085	20.19	19962	2925	2925	0.993	0.092	100
4.92-5.68	7.409	0.086	21.08	19337	2610	2610	0.992	0.092	100
5.68-6.96	7.51	0.083	21.34	16446	2190	2190	0.993	0.088	100
6.96-9.84	6.914	0.075	22.58	11636	1686	1683	0.995	0.08	99.8
9.84-43.81	7.593	0.064	24.57	6970	927	918	0.997	0.068	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.2→43.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 8.733 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: bromine partially radiolyzed;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2647	3880	5 %	RANDOM
R_work	0.2018	-	-	-
obs	0.2049	73703	93.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.1 Å² / B_iso mean: 47.554 Å² / B_iso min: 28.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0.01 Å²	-0 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→43.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10157	0	112	196	10465
B_iso mean	-	-	47.74	41.84	-
残基数	-	-	-	-	1252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	10561
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.919	1.657	14308
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.401	1.569	22294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.669	5	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.757	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.473	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.235	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	11656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.926	4.923	5012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.923	4.922	5010
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.036	7.372	6260

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.432	252	-
R_work	0.371	5282	-
all	-	5534	-
obs	-	-	90.8 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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