PDB-5sj6: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sj6

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c1ccc2c(c1)nc(nc2N3CCOCC3)Cl, micromolar IC50=1.4973168

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Groebke-Zbinden, K. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sj6.cif.gz	275 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sj6.ent.gz	220.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sj6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sj6_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sj6_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5sj6_validation.xml.gz	58 KB	表示
CIF形式データ	5sj6_validation.cif.gz	75.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sj6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sj6	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.570, 134.570, 234.494
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JXX / 2-chloro-4-(morpholin-4-yl)quinazoline 分子量: 249.696 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₂ClN₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→43.51 Å / Num. obs: 86083 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.169 % / B_iso Wilson estimate: 47.474 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 0.82 / Net I/σ(I): 12.87 / Num. measured all: 444954 / Scaling rejects: 78

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.21	5.25	1.27	1.28	33723	6428	6424	0.51	1.412	99.9
2.21-2.27	5.1	1.296	1.3	31435	6178	6164	0.511	1.446	99.8
2.27-2.33	4.942	0.953	1.69	29818	6039	6033	0.654	1.068	99.9
2.33-2.4	5.07	0.756	2.14	29770	5877	5872	0.749	0.844	99.9
2.4-2.48	5.369	0.592	2.7	30427	5670	5667	0.827	0.656	99.9
2.48-2.57	5.338	0.467	3.47	29421	5513	5512	0.881	0.518	100
2.57-2.67	5.265	0.364	4.42	27798	5280	5280	0.92	0.404	100
2.67-2.78	5.151	0.304	5.2	26405	5128	5126	0.939	0.339	100
2.78-2.9	5.008	0.237	6.53	24637	4924	4920	0.966	0.265	99.9
2.9-3.04	5.242	0.176	8.71	24279	4632	4632	0.98	0.196	100
3.04-3.21	5.364	0.127	11.76	23911	4459	4458	0.99	0.141	100
3.21-3.4	5.299	0.09	16.35	22166	4185	4183	0.993	0.1	100
3.4-3.63	5.029	0.067	21.79	20112	4002	3999	0.996	0.075	99.9
3.63-3.93	4.874	0.052	27.53	17956	3685	3684	0.997	0.059	100
3.93-4.3	5.379	0.039	35.94	18110	3367	3367	0.999	0.043	100
4.3-4.81	5.246	0.033	41.42	16137	3077	3076	0.999	0.036	100
4.81-5.55	4.875	0.034	39.79	13105	2691	2688	0.999	0.038	99.9
5.55-6.8	5.233	0.034	39.96	11884	2272	2271	0.999	0.038	100
6.8-9.62	5.117	0.023	54.05	9082	1778	1775	0.999	0.026	99.8
9.62-43.51	5.019	0.019	63.89	4778	962	952	1	0.021	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.15→43.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 7.287 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: pucker of morpholine flexible, possibly both pyramidalities at N-atom;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2347	4116	5 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.1845	78105	95.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.78 Å² / B_iso mean: 42.967 Å² / B_iso min: 22.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.67 Å²	-0.33 Å²	0 Å²
2-	-	-0.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→43.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10225	0	76	446	10747
B_iso mean	-	-	48.32	40.85	-
残基数	-	-	-	-	1260

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	10584
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9683
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.758	1.651	14334
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.436	1.576	22510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.154	5	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.862	22.455	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.283	15	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.721	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	11619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.798	4.411	5042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.793	4.411	5040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.105	6.605	6297

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	305	-
R_work	0.342	5447	-
all	-	5752	-
obs	-	-	89.75 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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