PDB-5sj0: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sj0

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with N-cyclohexyl-N-methyl-9H-purin-6-amine

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Maurer, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sj0.cif.gz	267.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sj0.ent.gz	216.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sj0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sj0	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.830, 134.830, 233.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JX9 / N-cyclohexyl-N-methyl-7H-purin-6-amine 分子量: 231.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇N₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.57 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→41.3 Å / Num. obs: 65182 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.725 % / B_iso Wilson estimate: 56.195 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 0.903 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 242776 / Scaling rejects: 70

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.35-2.41	3.211	0.736	1.73	15632	4886	4869	0.618	0.88	99.7
2.41-2.48	3.712	0.657	2.12	17459	4718	4704	0.705	0.767	99.7
2.48-2.55	3.772	0.52	2.77	17451	4651	4627	0.788	0.604	99.5
2.55-2.63	3.817	0.427	3.39	17150	4500	4493	0.847	0.495	99.8
2.63-2.71	3.676	0.389	4.08	15698	4349	4270	0.85	0.454	98.2
2.71-2.81	3.872	0.288	4.9	16500	4281	4261	0.92	0.333	99.5
2.81-2.91	3.893	0.217	6.14	15475	3991	3975	0.957	0.251	99.6
2.91-3.03	3.898	0.175	7.43	15239	3922	3909	0.97	0.202	99.7
3.03-3.17	3.91	0.137	9.19	14604	3753	3735	0.981	0.158	99.5
3.17-3.32	3.89	0.107	11.6	13808	3572	3550	0.986	0.123	99.4
3.32-3.5	3.683	0.089	14.08	12261	3407	3329	0.988	0.103	97.7
3.5-3.72	3.643	0.075	16.15	11591	3262	3182	0.991	0.088	97.5
3.72-3.97	3.591	0.065	18.09	10620	3048	2957	0.992	0.075	97
3.97-4.29	3.74	0.055	20.28	10289	2788	2751	0.995	0.063	98.7
4.29-4.7	3.702	0.052	21.59	9432	2592	2548	0.995	0.06	98.3
4.7-5.25	3.714	0.049	22.16	8636	2367	2325	0.995	0.057	98.2
5.25-6.07	3.745	0.05	21.7	7591	2069	2027	0.995	0.058	98
6.07-7.43	3.733	0.046	22.91	6383	1747	1710	0.996	0.053	97.9
7.43-10.51	3.664	0.042	24.52	4756	1344	1298	0.997	0.048	96.6
10.51-41.3	3.325	0.041	23.66	2201	744	662	0.996	0.049	89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.35→41.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 8.753 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.245 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: clear ligand density in molecules A,B, and C;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2319	2972	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1793	-	-	-
obs	0.1819	57523	91.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.04 Å² / B_iso mean: 49.66 Å² / B_iso min: 26.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.66 Å²	-0.33 Å²	0 Å²
2-	-	-0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.35→41.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	76	317	10545
B_iso mean	-	-	51.24	44.91	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	10480
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.65	14185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.286	1.568	22175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.121	5	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.681	22.601	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.475	15	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.319	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.494	5.154	5000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.491	5.153	4998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.928	7.728	6243

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	177	-
R_work	0.266	3759	-
all	-	3936	-
obs	-	-	80.76 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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