PDB-5sii: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sii

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 1-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-ethyl-7,8-dimethoxy-4-methyl-5H-2,3-benzodiazepine

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Zeller, P. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sii.cif.gz	273.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sii.ent.gz	220.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sii.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sii_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sii_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5sii_validation.xml.gz	50.2 KB	表示
CIF形式データ	5sii_validation.cif.gz	69.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5sii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5sii	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.531, 135.531, 235.479
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JPU / (5R)-1-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-ethyl-7,8-dimethoxy-4-methyl-5H-2,3-benzodiazepine / トフィソパム分子量: 382.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₆N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.18→43.71 Å / Num. obs: 84165 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.263 % / B_iso Wilson estimate: 49.429 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 0.834 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 442986 / Scaling rejects: 47

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.18-2.24	5.335	1.331	1.32	33336	6249	6249	0.473	1.477	100
2.24-2.3	5.326	1.104	1.63	32445	6093	6092	0.546	1.224	100
2.3-2.36	5.359	0.839	2.08	31703	5917	5916	0.694	0.93	100
2.36-2.44	5.298	0.695	2.51	30195	5701	5699	0.765	0.771	100
2.44-2.52	5.187	0.604	2.85	28955	5583	5582	0.797	0.672	100
2.52-2.61	4.981	0.445	3.81	26593	5340	5339	0.874	0.498	100
2.61-2.7	5.18	0.357	4.79	27035	5221	5219	0.916	0.398	100
2.7-2.81	5.449	0.293	5.91	26891	4936	4935	0.946	0.324	100
2.81-2.94	5.408	0.221	7.59	26057	4818	4818	0.972	0.245	100
2.94-3.08	5.358	0.169	9.7	24646	4602	4600	0.982	0.188	100
3.08-3.25	5.227	0.125	12.85	22566	4317	4317	0.989	0.139	100
3.25-3.45	4.941	0.085	17.69	20263	4101	4101	0.994	0.095	100
3.45-3.68	5.347	0.063	24.14	20704	3873	3872	0.997	0.07	100
3.68-3.98	5.419	0.049	30.46	19617	3620	3620	0.998	0.054	100
3.98-4.36	5.338	0.04	35.7	17535	3287	3285	0.999	0.044	99.9
4.36-4.87	4.954	0.035	39.19	14891	3007	3006	0.999	0.039	100
4.87-5.63	5.158	0.034	38.89	13561	2629	2629	0.999	0.038	100
5.63-6.89	5.491	0.034	39.9	12224	2227	2226	0.999	0.038	100
6.89-9.75	5.031	0.023	50.54	8708	1731	1731	0.999	0.026	100
9.75-43.71	5.448	0.02	61.85	5061	939	929	1	0.022	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.18→43.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 6.973 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: close contact of ethyl group with leucine; R-enantiomer;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2253	4021	5 %	RANDOM
R_work	0.1749	-	-	-
obs	0.1774	76966	96.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.71 Å² / B_iso mean: 44.263 Å² / B_iso min: 23.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	-0.14 Å²	0 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.18→43.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10162	0	120	428	10710
B_iso mean	-	-	59.94	44	-
残基数	-	-	-	-	1253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	10568
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.719	1.657	14313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.42	1.582	22502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.997	5	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.138	22.477	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.346	15	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.919	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	11629
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.883	4.49	5016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.875	4.489	5014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.128	6.726	6265

LS精密化シェル

解像度: 2.18→2.237 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	309	-
R_work	0.337	5317	-
all	-	5626	-
obs	-	-	90.06 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)