PDB-5si9: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5si9

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c12nc(cn1ccc(n2)NC(c3c(cnn3C)C(NCCO)=O)=O)c4ccccc4, micromolar IC50=0.054287

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Peters, J. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5si9.cif.gz	276.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5si9.ent.gz	222.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5si9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5si9_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5si9_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5si9_validation.xml.gz	58.6 KB	表示
CIF形式データ	5si9_validation.cif.gz	77.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5si9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5si9	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	136.254, 136.254, 236.528
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JN6 / N~4~-(2-hydroxyethyl)-1-methyl-N~5~-[(4R)-2-phenylimidazo[1,2-a]pyrimidin-7-yl]-1H-pyrazole-4,5-dicarboxamide 分子量: 405.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉N₇O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.01→43.91 Å / Num. obs: 108830 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.802 % / B_iso Wilson estimate: 42.865 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 0.882 / Net I/σ(I): 9.46 / Num. measured all: 413823 / Scaling rejects: 79

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.01-2.06	3.73	1.072	1.29	30353	8139	8137	0.449	1.255	100
2.06-2.12	3.766	0.866	1.63	29456	7825	7822	0.576	1.013	100
2.12-2.18	3.789	0.679	2.09	28954	7647	7641	0.685	0.794	99.9
2.18-2.25	3.814	0.513	2.79	28168	7394	7386	0.807	0.599	99.9
2.25-2.32	3.827	0.421	3.34	27711	7244	7240	0.853	0.491	99.9
2.32-2.4	3.848	0.34	4.1	26628	6923	6920	0.902	0.397	100
2.4-2.49	3.856	0.275	4.97	25812	6699	6694	0.933	0.321	99.9
2.49-2.59	3.862	0.216	6.17	25169	6521	6517	0.953	0.252	99.9
2.59-2.71	3.871	0.171	7.72	23970	6199	6192	0.968	0.199	99.9
2.71-2.84	3.876	0.142	8.98	22929	5921	5916	0.979	0.165	99.9
2.84-3	3.865	0.115	10.88	21610	5598	5591	0.986	0.134	99.9
3-3.18	3.851	0.091	13.27	20579	5350	5344	0.99	0.106	99.9
3.18-3.4	3.809	0.071	16.53	19002	5001	4989	0.993	0.083	99.8
3.4-3.67	3.746	0.057	19.9	17415	4665	4649	0.995	0.066	99.7
3.67-4.02	3.69	0.049	22.1	15714	4279	4259	0.996	0.057	99.5
4.02-4.49	3.655	0.044	23.68	14057	3860	3846	0.997	0.051	99.6
4.49-5.19	3.715	0.041	25.2	12661	3420	3408	0.997	0.048	99.6
5.19-6.36	3.781	0.04	25	10903	2894	2884	0.998	0.046	99.7
6.36-8.99	3.806	0.031	26.95	8517	2244	2238	0.999	0.036	99.7
8.99-43.91	3.643	0.024	28.23	4215	1215	1157	0.999	0.028	95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.01→43.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 5.155 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: in two out of four molecules in the a.u. the density for the two methylene C-atoms of the hydroxyethyl group is weak, possibly indicating either alternate conformations or partial hydrolysis of the amide bond;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2216	5216	5 %	RANDOM
R_work	0.1871	-	-	-
obs	0.1888	99356	95.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.28 Å² / B_iso mean: 38.211 Å² / B_iso min: 19.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5 Å²	-0.25 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.01→43.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	128	587	10867
B_iso mean	-	-	43.3	41.21	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	10572
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.359	1.658	14317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.282	1.569	22283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.388	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.884	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.788	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.777	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11645
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.186	3.907	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.186	3.905	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.135	5.846	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.062 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	373	-
R_work	0.361	6938	-
all	-	7311	-
obs	-	-	90.01 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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