PDB-5si5: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5si5

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c1c(nc2c(c1)nc(N[S](C)(=O)=O)c3c(nc(n23)CCC)C)OC, micromolar IC50=0.039264

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5si5.cif.gz	271.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5si5.ent.gz	218.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5si5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5si5_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5si5_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5si5_validation.xml.gz	56.1 KB	表示
CIF形式データ	5si5_validation.cif.gz	72.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5si5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5si5	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.764, 134.764, 234.884
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JM0 / N-[(10S)-2-methoxy-7-methyl-9-propylimidazo[1,5-a]pyrido[3,2-e]pyrazin-6-yl]methanesulfonamide 分子量: 349.408 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₉N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年6月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.27→43.35 Å / Num. obs: 73319 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.232 % / B_iso Wilson estimate: 48.931 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_rim(I) all: 0.12 / Χ²: 0.844 / Net I/σ(I): 11.43 / Num. measured all: 383641 / Scaling rejects: 41

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.27-2.33	4.996	1.167	1.35	27057	5442	5416	0.518	1.306	99.5
2.33-2.39	5.074	0.997	1.59	26855	5303	5293	0.604	1.113	99.8
2.39-2.46	5.368	0.798	2.03	27608	5159	5143	0.717	0.885	99.7
2.46-2.54	5.406	0.658	2.48	26959	4996	4987	0.781	0.73	99.8
2.54-2.62	5.358	0.529	3.12	25960	4858	4845	0.837	0.587	99.7
2.62-2.71	5.231	0.451	3.72	24406	4677	4666	0.878	0.502	99.8
2.71-2.82	5.1	0.364	4.41	23288	4574	4566	0.913	0.405	99.8
2.82-2.93	5.056	0.291	5.35	21755	4325	4303	0.947	0.325	99.5
2.93-3.06	5.397	0.216	7.27	22637	4201	4194	0.971	0.239	99.8
3.06-3.21	5.419	0.166	9.46	21486	3971	3965	0.981	0.184	99.8
3.21-3.38	5.378	0.122	12.61	20387	3801	3791	0.99	0.135	99.7
3.38-3.59	5.187	0.089	16.94	18574	3589	3581	0.994	0.099	99.8
3.59-3.84	4.922	0.073	20.08	16646	3384	3382	0.995	0.082	99.9
3.84-4.14	5.329	0.055	25.99	16681	3141	3130	0.997	0.061	99.6
4.14-4.54	5.412	0.048	29.42	15569	2883	2877	0.998	0.053	99.8
4.54-5.08	5.259	0.043	31.84	13722	2615	2609	0.998	0.048	99.8
5.08-5.86	4.897	0.045	29.03	11380	2326	2324	0.998	0.05	99.9
5.86-7.18	5.513	0.042	31.34	10624	1930	1927	0.998	0.047	99.8
7.18-10.15	5.149	0.029	42.26	7755	1516	1506	0.999	0.032	99.3
10.15-43.35	5.273	0.027	48.22	4292	824	814	0.999	0.03	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.27→43.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 7.795 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: orientation of Gln726 side-chain not entirely clear; rotated to interact with imino-N ;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2244	3525	5 %	RANDOM
R_work	0.1796	-	-	-
obs	0.1817	67319	96.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.6 Å² / B_iso mean: 45.186 Å² / B_iso min: 17.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.66 Å²	-0.33 Å²	0 Å²
2-	-	-0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.27→43.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	104	377	10633
B_iso mean	-	-	34.9	39.7	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10544
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.656	14289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.293	1.569	22283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.9	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.531	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.229	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.35	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.328	4.61	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.319	4.608	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.91	6.902	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.27→2.329 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	255	-
R_work	0.328	4642	-
all	-	4897	-
obs	-	-	90.15 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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